Не считайте определенные столбцы в «LIMIT»

Я рекомендую вам иметь одну таблицу для "Тема" плюс одну таблицу для "Комментарии". Вероятно, "Посты" можно просто выбросить с помощью комментариев, но не пытайтесь также вставлять Thread.

Если вам нужна иерархия (Комментарии к комментариям), Post следует отличать от комментариев просто с помощью directParentId = 0.

Если вам не нужна иерархия, тогда все, что вам нужно, это thread_id на всех сообщениях/комментариях, а также простой флаг, чтобы сказать, что является исходным сообщением.

Вы могли бы сделать что-то вроде этого:

SELECT *
FROM   t
WHERE  topParentId IN (SELECT id
                       FROM   t
                       WHERE  directParentId = 0
                              AND id <= 20); 

LIMIT не может использоваться в подзапросах, поэтому вам понадобится предложение where, чтобы отфильтровать ваши родительские сообщения (возможно, по дате или пользователю или что-то еще).

Если вы хотите использовать лимит, вы можете использовать "self-join", например:

SELECT t.*
FROM   (SELECT *
        FROM   t
        WHERE  t.did = 0
        LIMIT  20) AS t1
       INNER JOIN t
               ON t.tid = t1.id; 

В вашем дизайне нет ничего плохого. Обычные таблицы ссылок являются общими. Вы можете рассмотреть, что ваша таблица содержит "объекты с комментариями", и оба комментария и сообщения могут быть разделены на них. Но запросы, которые обрабатывают сообщения и комментарии как два отдельных объекта, могут быть сложнее/сложнее создать для таблицы, рассматривающей их как единую сущность (по крайней мере, это для меня :))