Почему файл «R.java» автоматически удаляется в Android?

R.java генерируется автоматически. Вы не должны редактировать его напрямую. Поместите свои ресурсы в соответствующие папки проекта и дайте SDK создать файл для вас (как часть процесса компиляции).

http://developer.android.com/guide/topics/resources/accessing-resources.html#ResourcesFromCode R.java связывает ваши ресурсы со статическими переменными, поэтому вы можете легко получить к ним доступ из своего кода. R.java создается автоматически с помощью инструмента aapt, поэтому, если вы внесете какие-либо изменения вручную, они будут отброшены после регенерации.