Как отладить превышение времени ожидания блокировки на MySQL?

То, что дает это, - это слово транзакция. Это видно из утверждения, что запрос пытался изменить хотя бы одну строку в одной или нескольких таблицах InnoDB.

Поскольку вы знаете запрос, все доступные таблицы являются кандидатами на то, чтобы быть виновником.

Оттуда вы сможете запустить SHOW ENGINE INNODB STATUS\G

Вы должны иметь возможность видеть постраничную таблицу (ы)

Вы получаете все виды дополнительной информации о блокировке и мьютексе.

Вот пример от одного из моих клиентов:

mysql> show engine innodb status\G
*************************** 1. row ***************************
  Type: InnoDB
  Name:
Status:
=====================================
110514 19:44:14 INNODB MONITOR OUTPUT
=====================================
Per second averages calculated from the last 4 seconds
----------
SEMAPHORES
----------
OS WAIT ARRAY INFO: reservation count 9014315, signal count 7805377
Mutex spin waits 0, rounds 11487096053, OS waits 7756855
RW-shared spins 722142, OS waits 211221; RW-excl spins 787046, OS waits 39353
------------------------
LATEST FOREIGN KEY ERROR
------------------------
110507 21:41:35 Transaction:
TRANSACTION 0 606162814, ACTIVE 0 sec, process no 29956, OS thread id 1223895360 updating or deleting, thread declared inside InnoDB 499
mysql tables in use 1, locked 1
14 lock struct(s), heap size 3024, 8 row lock(s), undo log entries 1
MySQL thread id 3686635, query id 124164167 10.64.89.145 viget updating
DELETE FROM file WHERE file_id in ('6dbafa39-7f00-0001-51f2-412a450be5cc' )
Foreign key constraint fails for table `backoffice`.`attachment`:
,
  CONSTRAINT `attachment_ibfk_2` FOREIGN KEY (`file_id`) REFERENCES `file` (`file_id`)
Trying to delete or update in parent table, in index `PRIMARY` tuple:
DATA TUPLE: 17 fields;
 0: len 36; hex 36646261666133392d376630302d303030312d353166322d343132613435306265356363; asc 6dbafa39-7f00-0001-51f2-412a450be5cc;; 1: len 6; hex 000024214f7e; asc   $!O~;; 2: len 7; hex 000000400217bc; asc    @   ;; 3: len 2; hex 03e9; asc   ;; 4: len 2; hex 03e8; asc   ;; 5: len 36; hex 65666635323863622d376630302d303030312d336632662d353239626433653361333032; asc eff528cb-7f00-0001-3f2f-529bd3e3a302;; 6: len 40; hex 36646234376337652d376630302d303030312d353166322d3431326132346664656366352e6d7033; asc 6db47c7e-7f00-0001-51f2-412a24fdecf5.mp3;; 7: len 21; hex 416e67656c73204e6f7720436f6e666572656e6365; asc Angels Now Conference;; 8: len 34; hex 416e67656c73204e6f7720436f6e666572656e6365204a756c7920392c2032303131; asc Angels Now Conference July 9, 2011;; 9: len 1; hex 80; asc  ;; 10: len 8; hex 8000124a5262bdf4; asc    JRb  ;; 11: len 8; hex 8000124a57669dc3; asc    JWf  ;; 12: SQL NULL; 13: len 5; hex 8000012200; asc    " ;; 14: len 1; hex 80; asc  ;; 15: len 2; hex 83e8; asc   ;; 16: len 4; hex 8000000a; asc     ;;

But in child table `backoffice`.`attachment`, in index `PRIMARY`, there is a record:
PHYSICAL RECORD: n_fields 6; compact format; info bits 0
 0: len 30; hex 36646261666133392d376630302d303030312d353166322d343132613435; asc 6dbafa39-7f00-0001-51f2-412a45;...(truncated); 1: len 30; hex 38666164663561652d376630302d303030312d326436612d636164326361; asc 8fadf5ae-7f00-0001-2d6a-cad2ca;...(truncated); 2: len 6; hex 00002297b3ff; asc   "   ;; 3: len 7; hex 80000040070110; asc    @   ;; 4: len 2; hex 0000; asc   ;; 5: len 30; hex 416e67656c73204e6f7720436f6e666572656e636520446f63756d656e74; asc Angels Now Conference Document;;

------------
TRANSACTIONS
------------
Trx id counter 0 620783814
Purge done for trx n:o < 0 620783800 undo n:o < 0 0
History list length 35
LIST OF TRANSACTIONS FOR EACH SESSION:
---TRANSACTION 0 0, not started, process no 29956, OS thread id 1192212800
MySQL thread id 5341758, query id 189708501 127.0.0.1 lwdba
show innodb status
---TRANSACTION 0 620783788, not started, process no 29956, OS thread id 1196472640
MySQL thread id 5341773, query id 189708353 10.64.89.143 viget
---TRANSACTION 0 0, not started, process no 29956, OS thread id 1223895360
MySQL thread id 5341667, query id 189706152 10.64.89.145 viget
---TRANSACTION 0 0, not started, process no 29956, OS thread id 1227888960
MySQL thread id 5341556, query id 189699857 172.16.135.63 lwdba
---TRANSACTION 0 620781112, not started, process no 29956, OS thread id 1222297920
MySQL thread id 5341511, query id 189696265 10.64.89.143 viget
---TRANSACTION 0 620783736, not started, process no 29956, OS thread id 1229752640
MySQL thread id 5339005, query id 189707998 10.64.89.144 viget
---TRANSACTION 0 620783785, not started, process no 29956, OS thread id 1198602560
MySQL thread id 5337583, query id 189708349 10.64.89.145 viget
---TRANSACTION 0 620783469, not started, process no 29956, OS thread id 1224161600
MySQL thread id 5333500, query id 189708478 10.64.89.144 viget
---TRANSACTION 0 620781240, not started, process no 29956, OS thread id 1198336320
MySQL thread id 5324256, query id 189708493 10.64.89.145 viget
---TRANSACTION 0 617458223, not started, process no 29956, OS thread id 1195141440
MySQL thread id 736, query id 175038790 Has read all relay log; waiting for the slave I/O thread to update it
--------
FILE I/O
--------
I/O thread 0 state: waiting for i/o request (insert buffer thread)
I/O thread 1 state: waiting for i/o request (log thread)
I/O thread 2 state: waiting for i/o request (read thread)
I/O thread 3 state: waiting for i/o request (write thread)
Pending normal aio reads: 0, aio writes: 0,
 ibuf aio reads: 0, log i/o's: 0, sync i/o's: 0
Pending flushes (fsync) log: 0; buffer pool: 0
519878 OS file reads, 18962880 OS file writes, 13349046 OS fsyncs
0.00 reads/s, 0 avg bytes/read, 6.25 writes/s, 4.50 fsyncs/s
-------------------------------------
INSERT BUFFER AND ADAPTIVE HASH INDEX
-------------------------------------
Ibuf: size 1, free list len 1190, seg size 1192,
174800 inserts, 174800 merged recs, 54439 merges
Hash table size 35401603, node heap has 35160 buffer(s)
0.50 hash searches/s, 11.75 non-hash searches/s
---
LOG
---
Log sequence number 28 1235093534
Log flushed up to   28 1235093534
Last checkpoint at  28 1235091275
0 pending log writes, 0 pending chkp writes
12262564 log i/o done, 3.25 log i/o's/second
----------------------
BUFFER POOL AND MEMORY
----------------------
Total memory allocated 18909316674; in additional pool allocated 1048576
Dictionary memory allocated 2019632
Buffer pool size   1048576
Free buffers       175763
Database pages     837653
Modified db pages  6
Pending reads 0
Pending writes: LRU 0, flush list 0, single page 0
Pages read 770138, created 108485, written 7795318
0.00 reads/s, 0.00 creates/s, 4.25 writes/s
Buffer pool hit rate 1000 / 1000
--------------
ROW OPERATIONS
--------------
0 queries inside InnoDB, 0 queries in queue
1 read views open inside InnoDB
Main thread process no. 29956, id 1185823040, state: sleeping
Number of rows inserted 6453767, updated 4602534, deleted 3638793, read 388349505551
0.25 inserts/s, 1.25 updates/s, 0.00 deletes/s, 2.75 reads/s
----------------------------
END OF INNODB MONITOR OUTPUT
============================

1 row in set, 1 warning (0.00 sec)

Вам следует подумать об увеличении значения ожидания ожидания блокировки для InnoDB, установив innodb_lock_wait_timeout, значение по умолчанию - 50 секунд

mysql> show variables like 'innodb_lock_wait_timeout';
+--------------------------+-------+
| Variable_name            | Value |
+--------------------------+-------+
| innodb_lock_wait_timeout | 50    |
+--------------------------+-------+
1 row in set (0.01 sec)

Вы можете установить его на более высокое значение в /etc/my.cnf навсегда с помощью этой строки

[mysqld]
innodb_lock_wait_timeout=120

и перезапустите mysql. Если вы не можете перезапустить mysql в это время, запустите это:

SET GLOBAL innodb_lock_wait_timeout = 120; 

Вы также можете просто установить его на время сеанса

SET innodb_lock_wait_timeout = 120; 

а затем ваш запрос

Как кто-то упомянул в одном из многих SO-потоков, касающихся этой проблемы: иногда процесс, заблокировавший таблицу, отображается как спящий в списке процессов! Я рвал волосы до тех пор, пока не уничтожу все спящие нити, которые были открыты в соответствующей базе данных (в то время ни одна из них не была активной). Это, наконец, разблокирует таблицу и позволяет запустить запрос обновления.

Комментарий сказал что-то похожее на "Иногда поток MySQL блокирует таблицу, а затем спит, пока он ждет чего-то, что не связано с MySQL".

После повторной проверки журнала show engine innodb status (как только я выследил клиента, ответственного за блокировку), я заметил, что застрявшая нить была указана в самой нижней части списка транзакций, под активной запросы, которые были готовы к ошибке из-за замороженной блокировки:

------------------
---TRANSACTION 2744943820, ACTIVE 1154 sec(!!)
2 lock struct(s), heap size 376, 2 row lock(s), undo log entries 1
MySQL thread id 276558, OS thread handle 0x7f93762e7710, query id 59264109 [ip] [database] cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 2744943821, sees < 2744943821

(неуверенный, если сообщение "Просмотр прочитанного Trx" связано с замороженной блокировкой, но в отличие от других активных транзакций, этот не отображается с запросом, который был выпущен, и вместо этого утверждает, что транзакция "очищает", но имеет несколько блокировок строк)

Мораль этой истории заключается в том, что транзакция может быть активной, даже если поток спал.

Из-за популярности MySQL, неудивительно, что превышено время ожидания блокировки; попробуйте перезапустить транзакцию. Такое внимание уделяется SO.

Чем больше у вас конкурентов, тем больше вероятность блокировок, которые механизм БД будет решать, тайминг одной из тупиковых транзакций. Кроме того, длительные транзакции, которые изменили (например, UPDATE или DELETE) большое количество записей (которые принимают блокировки, чтобы избежать аномалий с грязной записью, как описано в High-Performance Java Persistence), скорее всего, вызовут конфликты с другими транзакциями.

Хотя InnoDB MVCC, вы можете запросить явные блокировки с помощью предложения FOR UPDATE. Однако, в отличие от других популярных БД (Oracle, MSSQL, PostgreSQL, DB2), MySQL использует REPEATABLE_READ как уровень изоляции по умолчанию.

Теперь блокировки, которые вы приобрели (либо путем изменения строк, либо с использованием явной блокировки), удерживаются на время текущей транзакции. Если вы хотите хорошо объяснить разницу между REPEATABLE_READ и READ COMMITTED в отношении блокировки, пожалуйста, прочитать эту статью Percona.

В REPEATABLE READ каждый замок, приобретенный во время транзакции, удерживается на время транзакции.

В READ COMMITTED блокировки, которые не совпадают с проверкой, освобождаются после завершения ЗАЯВЛЕНИЯ.

...

Это означает, что в READ COMMITTED другие транзакции могут обновлять строки, которые они не смогли бы обновить (в REPEATABLE READ) после завершения инструкции UPDATE.

Этот более ограничительный уровень изоляции (REPEATABLE_READ, SERIALIZABLE), тем больше вероятность блокировки. Это не проблема "per se", это компромисс.

Вы можете получить очень хорошие результаты с помощью READ_COMMITED, так как вам нужно предотвращение предотвращения обновления на уровне приложения при использовании логических транзакций, которые охватывают несколько HTTP-запросы. оптимистичная блокировка приближает цели потерянные обновления, которые могут произойти, даже если вы используете уровень изоляции SERIALIZABLE, одновременно уменьшая конфликт блокировки, позволяя использовать READ_COMMITED.

Для записи исключение ожидания ожидания блокировки происходит также, когда есть тупик, и MySQL не может его обнаружить, поэтому он просто отключается. Еще одна причина может заключаться в чрезвычайно длительном запросе, который проще решить/отремонтировать, но я не буду описывать этот случай здесь.

MySQL обычно может иметь дело с взаимоблокировками, если они построены "правильно" в двух транзакциях. Затем MySQL просто убивает/откатывает одну транзакцию, которая владеет меньшим количеством блокировок (менее важно, поскольку она будет влиять на меньшее количество строк) и позволяет другому завершить.

Теперь предположим, что существуют два процесса A и B и 3 транзакции:

Process A Transaction 1: Locks X
Process B Transaction 2: Locks Y
Process A Transaction 3: Needs Y => Waits for Y
Process B Transaction 2: Needs X => Waits for X
Process A Transaction 1: Waits for Transaction 3 to finish

(see the last two paragraph below to specify the terms in more detail)

=> deadlock 

Это очень неудачная настройка, потому что MySQL не видит, что существует тупик (в трех транзакциях). Так что MySQL делает... ничего! Он просто ждет, так как он не знает, что делать. Он ожидает, пока первый приобретенный замок не превысит тайм-аут (Process A Transaction 1: Locks X), затем он разблокирует Lock X, который открывает транзакцию 2 и т.д.

Искусство заключается в том, чтобы выяснить, что (какой запрос) вызывает первый замок (Lock X). Вы сможете легко увидеть (show engine innodb status), что Transaction 3 ждет транзакции 2, но вы не увидите, какая транзакция транзакции 2 ждет (транзакция 1). MySQL не будет печатать какие-либо блокировки или запрос, связанные с транзакцией 1. Единственный намек будет заключаться в том, что в самом конце списка транзакций (распечатки show engine innodb status) вы увидите, что транзакция 1, по-видимому, ничего не делает (но на самом деле ждет Транзакция 3 завершена).

Ниже описывается способ поиска того, какой SQL-запрос вызывает блокировку (Lock X) для данной ожидающей транзакции Tracking MySQL query history in long running transactions

Если вам интересно, что процесс и транзакция точно приведены в этом примере. Процесс является процессом PHP. Транзакция - это транзакция, определенная innodb-trx-table. В моем случае у меня было два процесса PHP, в каждом из которых я начал транзакцию вручную. Интересная часть заключалась в том, что, хотя я начал одну транзакцию в процессе, MySQL использовал внутренне фактически две отдельные транзакции (я не знаю, почему, может быть, может объяснить какой-то MySQL-разработчик).

MySQL самостоятельно управляет своими собственными транзакциями и решил (в моем случае) использовать две транзакции для обработки всех запросов SQL, поступающих из процесса PHP (процесс A). Утверждение, что Transaction 1 ожидает завершения транзакции 3, является внутренней задачей MySQL. MySQL "знал" транзакцию 1, а транзакция 3 фактически была создана как часть одного запроса транзакции (из процесса A). Теперь вся транзакция была заблокирована, потому что транзакция 3 (подраздел "транзакция" ) была заблокирована. Поскольку "транзакция" не была способна завершить транзакцию 1 (также подчасти "транзакции" ), была отмечена как не завершенная. Это то, что я имел в виду под термином "Транзакция 1 ждет завершения транзакции 3".

Большая проблема с этим исключением заключается в том, что он обычно не воспроизводится в тестовой среде, и мы не собираемся запускать статус двигателя innodb, когда это происходит на prod. Поэтому в одном из проектов я помещал приведенный ниже код в блок catch для этого исключения. Это помогло мне уловить статус двигателя, когда произошло исключение. Это очень помогло.

Statement st = con.createStatement();
ResultSet rs =  st.executeQuery("SHOW ENGINE INNODB STATUS");
while(rs.next()){
    log.info(rs.getString(1));
    log.info(rs.getString(2));
    log.info(rs.getString(3));
}

Посмотрите справочную страницу утилиты pt-deadlock-logger:

brew install percona-toolkit
pt-deadlock-logger --ask-pass server_name

Он извлекает информацию из упомянутого выше engine innodb status, а также его можно использовать для создания daemon, который запускается каждые 30 секунд.

Экстраполируя из ответа Роландо выше, они блокируют ваш запрос:

---TRANSACTION 0 620783788, not started, process no 29956, OS thread id 1196472640
MySQL thread id 5341773, query id 189708353 10.64.89.143 viget

Если вам нужно выполнить свой запрос и не можете дождаться, пока остальные будут запущены, уничтожьте их с помощью идентификатора потока MySQL:

kill 5341773

^{(изнутри mysql, а не оболочки, очевидно)}

Вы должны найти идентификаторы потоков из:

show engine innodb status\G

и выяснить, какой из них блокирует базу данных.

Вы можете использовать:

show full processlist

в котором будут перечислены все соединения в MySQL и текущее состояние соединения, а также выполняемый запрос. Также есть более короткий вариант show processlist;, который отображает усеченный запрос, а также статистику соединения.

Активировать MySQL general.log(интенсивный диск) и использовать mysql_analyse_general_log.pl для извлечения длинных транзакций, например:

- min-duration = ваше значение innodb_lock_wait_timeout

Отключить general.log после этого.