Как сделать запрос к инвертированному индексу с нефиксированным количеством ключевых слов?

Один из способов сделать это - создать собственную коллекцию. Dictionary<string, List<int>> будет служить в качестве базовой коллекции. Это делает ваш поиск довольно быстрым. Здесь выполняется частичная реализация такого класса, который показывает, как будет выглядеть один такой поиск:

public class InvertedIndexCollection : IDictionary<string, List<int>>
{
    public class IndexedWord
    {
        public string Key
        {
            get
            {
                return kvp.Key;
            }
        }
        public List<int> Value
        {
            get
            {
                return kvp.Value;
            }
        }
        private KeyValuePair<string, List<int>> kvp = new KeyValuePair<string, List<int>>();

        public IndexedWord()
        {

        }
        public IndexedWord(string _key, List<int> _newvalue)
        {
            kvp = new KeyValuePair<string, List<int>>(_key, _newvalue.OrderBy(x => x).ToList());
        }
    }
    private Dictionary<string, List<int>> Collection = new Dictionary<string, List<int>>();
    public int Count
    {
        get
        {
            return Collection.Count;
        }
    }
    public InvertedIndexCollection()
    {

    }
    public InvertedIndexCollection(Dictionary<string, List<int>> NewCollection)
    {
        Collection = NewCollection;
    }
    public List<int> this[string key]
    {
        get
        {
            return Collection[key];
        }
        set
        {
            Collection[key] = value;
        }
    }
    public void Add(IndexedWord NewItem)
    {
        if(Collection.ContainsKey(NewItem.Key))
            Collection[NewItem.Key].AddRange(NewItem.Value.Where(x => !Collection[NewItem.Key].Contains(x)));
        else
            Collection.Add(NewItem.Key, NewItem.Value);
    }
    public void Add(string Newkey, int Index)
    {
        if(Collection.ContainsKey(Newkey))
        {
            Collection[Newkey].Add(Index);
            Collection[Newkey].Sort();
        }
        else
            Collection.Add(Newkey, new List<int> { Index });
    }
    public List<int> FindIndices(string InputString, string Delimiter)
    {
        return FindIndices(InputString.Split(Delimiter.ToArray(), StringSplitOptions.RemoveEmptyEntries));
    }
    //This return a list of indices that contain all the search words.  You will
    //probably need to work out how to implement partial results, but this
    //should give you a start
    public List<int> FindIndices(IEnumerable<string> InputArray)
    {
        //Get a list of indices for each word
        var templist = (from word in InputArray
                        where Collection.ContainsKey(word)
                        select Collection[word]);
        //Flatten the lists and remove duplicates and return every index that is
        //common to all the words.
        return (from index in templist.SelectMany(x => x).Distinct()
                where templist.All(x => x.Contains(index))
                select index).ToList();
    }

    public void Add(string key, List<int> value)
    {
        Collection.Add(key, value);
    }

    public bool ContainsKey(string key)
    {
        return Collection.ContainsKey(key);
    }

    public ICollection<string> Keys
    {
        get
        {
            return Collection.Keys;
        }
    }

    public bool Remove(string key)
    {
        return Collection.Remove(key);
    }

    public bool TryGetValue(string key, out List<int> value)
    {
        return Collection.TryGetValue(key, out value);
    }

    public ICollection<List<int>> Values
    {
        get
        {
            return Collection.Values;
        }
    }
    public void Clear()
    {
        Collection.Clear();
    }

    public bool Contains(KeyValuePair<string, List<int>> item)
    {
        return Collection.Contains(item);
    }


    public IEnumerator<KeyValuePair<string, List<int>>> GetEnumerator()
    {
        return Collection.GetEnumerator();
    }

    System.Collections.IEnumerator System.Collections.IEnumerable.GetEnumerator()
    {
        return Collection.GetEnumerator();
    }

    public void Add(KeyValuePair<string, List<int>> item)
    {
        throw new NotImplementedException();
    }

    public void CopyTo(KeyValuePair<string, List<int>>[] array, int arrayIndex)
    {
        throw new NotImplementedException();
    }

    public bool IsReadOnly
    {
        get
        {
            throw new NotImplementedException();
        }
    }

    public bool Remove(KeyValuePair<string, List<int>> item)
    {
        throw new NotImplementedException();
    }
}