Я попробовал этот скрипт выбрать поле в таблице с помощью RMySQL:
mydb <- dbConnect(MySQL(), dbname="***", user='***',host='***')
a<-29553
b<-31097
c<-'chr1'
s<-'+'
res<-dbSendQuery(mydb, "SELECT name FROM wgEncodeGencodeBasicV27 WHERE
chrom=c AND strand=s AND txStart=a AND txEnd=b")
но он возвращает ошибку: "Неизвестный столбец" c "в" where clause ". Зачем? Как исправить скрипт?
В принципе, идея состоит в том, что вы можете динамически подготовить свой query
с помощью переменных. Это отнимает необходимость отправлять переменные как параметр отдельно. sprintf
подходит для этой цели.
Возьмем случай из OP
. Подход должен быть:
#Variables to be used in query
a<-29553
b<-31097
c<-'chr1'
s<-'+'
library(RMySQL)
mydb <- dbConnect(MySQL(), dbname="***", user='***',host='***')
#Prepare a query format string with place holders for variables.
queryFormat <- "SELECT name FROM wgEncodeGencodeBasicV27
WHERE chrom='%s' AND strand='%s' AND txStart=%d AND txEnd=%d"
#Use sprintf to prepare the query
query <- sprintf(queryFormat, c, s, a, b)
res<-dbSendQuery(mydb, query)
#The final query which has been send to Database:
#[1] "SELECT name FROM wgEncodeGencodeBasicV27
# WHERE chrom='chr1' AND strand='+' AND txStart=29553 AND txEnd=31097"