Как предотвратить загрузку окна, если оно еще не прошло этап входа в Java?

Предложения:

• Ваше окно входа должно быть модальным диалогом, таким как JDialog, а не JFrame.
• В вашем графическом интерфейсе должен быть только один основной метод - метод, который сначала вызывает ваш модальный диалог входа в систему, а затем в случае успеха открывает главный JFrame после этого.

Основной основной метод мог бы выглядеть примерно так:

   private static void createAndShowGui() {
      LoginDialog loginDialog = new LoginDialog();
      loginDialog.setVisible(true);

      // however you verify that the user is authentic
      if (loginDialog.verify()) {
         MainGui mainGui = new MainGui();
         mainGui.setVisible(true);
      }
   }

   public static void main(String[] args) {
      SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
         public void run() {
            createAndShowGui();
         }
      });
   }

В приведенном выше примере, поскольку LoginDialog является модальным, код ниже loginDialog.setVisible(true) не запускается, пока диалоговое окно больше не отображается.

Что касается ваших вопросов:

1) Запустите некоторый код во время загрузки основного окна,

Запустите его в одном основном методе.

2) Как я могу установить внешний вид (позже) без основного метода

У вас будет основной метод, но только один основной метод.

3) Как я могу запустить некоторый код, когда фрейм закрывается (как я уже делаю сейчас)?

Сделайте то же самое, но в одном основном методе.