Многострочный в последовательности в YAML

Ваш ввод не является списком, YAML знает только о отображениях (созданных как Python dict и последовательности (созданных как list Python).

Обычно - это индикатор записи последовательности блоков, но поскольку вы начинаете литерал стиля блока в первой строке как значение для ключевого Element, из-за | все, что после него является отступом, является частью этого скаляра (построенного как строка Python).

Что вы хотите сделать, это вывести индикатор за пределы буквального скаляра:

Element: 
- |
  multiple lines
  come here

Если вы загрузите это в Python в переменную data тогда data['Element'][0] будет строкой 'multiple lines\ncome here\n'. То есть: каждая новая строка в вашем буквальном скаляре будет новой строкой в вашей строке, и в этой строке будет одна последняя строка новой строки, независимо от того, сколько пустых строк следует (это отсечение). Если вы хотите, чтобы в конце не было новой строки, используйте |- (зачистка), а если вы хотите, чтобы все новые строки до обрезки использовали, то используйте |+ (сохранение). Эти дополнения к | называются грохотом показателей.

Если у вас есть вышеперечисленное в файле с именем input.yaml:

import sys
from pathlib import Path
import ruamel.yaml

input = Path('input.yaml')

yaml = ruamel.yaml.YAML(typ='safe')
data = yaml.load(input)
print(f'{data["Element"][0]!r}')  # print the representation, so you can see where the newlines are

который дает:

'multiple lines\ncome here\n'