Разные файлы представлены в двух разных каталогах

Если вам интересны только файлы, которые отличаются друг от друга, вы можете использовать:

diff -qr dir_one dir_two | sort

Опция "q" будет показывать только файлы, которые отличаются, но не отличается от содержимого, а "сортировка" будет упорядочивать выход в алфавитном порядке.

У Diff есть опция -r, которая предназначена именно для этого.

diff -r dir1 dir2

diff может не только сравнивать два файла, он может, используя опцию -r, прогуливать целые деревья каталогов, рекурсивно проверять различия между подкаталогами и файлами, которые встречаются в сопоставимых точках в каждом дереве.

$ man diff

...

-r  --recursive
        Recursively compare any subdirectories found.

...

Если это GNU diff, вы должны просто указать его в двух каталогах и использовать параметр -r.

В противном случае попробуйте использовать

for i in $(\ls -d ./dir1/*); do diff ${i} dir2; done

N.B. Как отметил Деннис в разделе комментариев, вам фактически не нужно выполнять подстановку команд на ls. Я делаю это так долго, что я довольно много делаю это на автопилоте и заменяю команду, мне нужно получить список файлов для сравнения.

Также я забыл добавить, что я делаю "\ ls", чтобы временно отключить мой псевдоним ls для GNU ls, чтобы я потерял информацию о форматировании цвета из списка, возвращаемого GNU ls.

Попробуйте следующее:

diff -rq /path/to/folder1 /path/to/folder2      

Вот script, чтобы показать различия между файлами в двух папках. Он работает рекурсивно. Измените dir1 и dir2.

(search() { for i in $1/*; do [ -f "$i" ] && (diff "$1/${i##*/}" "$2/${i##*/}" || echo "files: $1/${i##*/}   $2/${i##*/}"); [ -d "$i" ] && search "$1/${i##*/}" "$2/${i##*/}"; done }; search "dir1" "dir2" )