Рефакторинг ссылочной переменной в части кода в Eclipse

Взгляните на не повторяйте себя (DRY), который был разработан для предотвращения подобных ситуаций. Вместо переименования переменных создайте отдельный метод, который будет принимать любой прямоугольник и распечатать его детали.

public static void printRectangleDetails(Rectangle r){

    System.out.println("Rectangle 1: " + "\n" + "Width: " + r.width + "\n" + "Height: " +
            r.height + "\n" + "Color: " + r.color + "\n" + "Area and Perimeter: " + 
                    r.getArea(r.width, r.height) + ", " + r.getPerimeter(r.width, r.height));
}

Теперь вы можете использовать его с вашими прямоугольниками r1 и r2 когда это необходимо

printRectangleDetails(r1);
...
printRectangleDetails(r2);

Если по какой-то причине вы не можете создать отдельный метод и использовать принцип DRY, вы можете сделать что-то вроде этого:

скажем, у нас есть

String foo = "foo";
System.out.println(foo+" hello wordls"+ foo);

String bar = "bar";
System.out.println(foo+" hello wordls"+ foo);

и вы хотите заменить foo на второй оператор печати на bar. Используя Alt + Shift + R (или из меню: Refactor → Rename..) во втором заявлении печати переименуйте все ссылки foo. Чтобы предотвратить его повторное использование вашей ссылки foo (компилятор даст вам ошибку, но не волнуйтесь, мы позже удалим ее, это полезно только при переименовании) непосредственно перед операциями, из которых вы хотите изменить foo на bar например

String foo = "foo";
System.out.println(foo+" hello wordls"+ foo);

String bar = "bar";
String foo = "whatever";
//     ^^^
System.out.println(foo+" hello wordls"+ foo);

Теперь используйте Alt + Shift + R на этом новом дублированном foo и eclipse будет искать foo из этой новой ссылки и игнорировать предыдущие foo, поэтому вы должны увидеть что-то вроде

(как вы видите, первые два foo не выбраны для переименования)
так что вы можете изменить его в bar, как

String foo = "foo";
System.out.println(foo+" hello wordls"+ foo);

String bar = "bar";
String bar = "whatever";
System.out.println(bar+" hello wordls"+ bar);

и после этого просто удалил этот дополнительный String bar = "whatever"; так как вам это больше не нужно.

НО БУДЬ ОСТОРОЖЕН. Таким образом вы переименуете все переменные foo после дублирования foo, а не только в System.out.println(foo+" hello wordls"+ foo); который вы хотели переименовать. Чтобы убедиться, что вы не изменяете ничего, чего не хотите, поместите код, который вы хотите изменить в конце вашего метода (где вы уверены, что нет foo который не следует изменять после него). После того, как вы закончите, переместите свой измененный код в нужное место.