Разбиение массива на несколько массивов

вы не что-то вроде следующего?

Это будет читать строку за строкой, и вы можете решить, что с ней делать. Таким образом, вы не получите большой массив строк, содержащий все записи. Результатом здесь будет список, содержащий строковые массивы и пропускающие пустые строки.

//This will be the resulting list of arrays
var fileArrayList = new List<string[]>();
var filereader = new System.IO.StreamReader("yourfile");
var tmpArr = new List<string>();
var line = "";
while((line = filereader.ReadLine()) != null)
{
   if(String.IsNullOrEmpty(line){
       //put this array to our list
       fileArrayList.Add(tmpArr.ToArray());
       //clean the temp one
       tmpArr.Clear();
   }else
   {
       tmpArr.Add(line);
   }
}
//add the last entry
fileArrayList.Add(tmpArr.ToArray());
tmpArr = null;
//close the stream
filereader.Close();

list<string> listBeforeEmpty = new list<string>();
list<string> listAfterEmpty = new list<string>();

//Indicates whether the loop is before the empty line or not
bool isEmptyLineFound = false;

 for (int i = 0; i < lines.Length; i++)
    {

     //If the empty line was found
     if (lines[i].CompareTo(@"") == 0)
            {
                isEmptyLineFound = true;
            }

    //Add the line to the right list
     if (isEmptyLineFound == false) 
          listBeforeEmpty .Add(lines[i]);
     else listAfterEmpty .Add(lines[i]);

    }

Я решил пойти на это ради удовольствия. Это то, к чему я придумал, он должен работать:

    private static string[] _arr = new string[] // The stuff you read from file.

    private static List<string[]> _arrays = new List<string[]>(); 

        while (_arr.Length > 0)
        {
            var a = _arr.TakeWhile(s =>
            {
                var li = _arr.ToList();
                return 
                    s != string.Empty // Take it if the string isn't empty.
                    || (s == string.Empty && li.IndexOf(s) == 0) // Or if it empty, but it the first element in the array (it the next one after we've just finished a batch)
                    || li.IndexOf(s) == _arr.Length; // And take it if it the last element (in the case of an empty string as the last element)
            }).ToArray();

            _arrays.Add(a);

            // Re-create the array to only include the stuff we haven't solved yet.
            var l = _arr.ToList();
            l.RemoveRange(0, a.Length);
            _arr = l.ToArray();
        }

Это немного хаки и может быть улучшено, но это должно быть то, с чем вы можете работать.

На стороне примечания, вы должны, вероятно, использовать альтернативный способ чтения вашего файла и определения этих отдельных массивов при чтении файла. Это более эффективно, и, возможно, тоже легче.