Чтение файла передается в cmd

Вы можете попробовать Files # readAllLines(). Это будет читать текстовый файл и хранить каждую строку в коллекции List:

//Path valuesPath = Paths.get("VALUES_DIR", "values.txt");
Path valuesPath = Paths.get("./" + args[0]);

try {
  List<String> lines = Files.readAllLines(valuesPath, Charset.defaultCharset()));

  for (String line : lines) {     //print lines (or do whatever you need)
    System.out.println(line);
  }
} catch (IOException e) {
   e.printStackTrace();
}

Где args[0] - это имя файла для чтения (в том же каталоге, где находится task1.jar).

Вызовите свою java-программу как:

java -jar task1.jar values.txt

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Чтобы прочитать файл с каналами в стандартной комплектации:

BufferedReader in = null;
try {
    in = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
    String line;
    while ((line = in.readLine()) != null) {  //print lines (or do whatever you need)
        System.out.println(line);
    }
} catch (IOException e) {
    e.printStackTrace();
} 

вызовите свою задачу как:

java task1 calculate < VALUES_PATH\values.txt

Где VALUES_PATH - это полный путь, где находится ваш файл.

Обратите внимание, что когда вы используете < то вы не можете вернуть командную строку в свою собственную программу.