Как я могу использовать JavaScript в кусках кода RMarkdown?

Мне нравится использовать пакет htmltools для такой работы.

Вы можете создать HTML-якорь с помощью htmltools::a().
Для того чтобы создать ссылку на слайд № 2, вам необходимо написать:

htmltools::a("text", href = "javascript:slidedeck.loadSlide(2)")

Вы можете легко векторизовать это выражение. Не забудьте передать полученный список в htmltools::tagList().
Вот минимальный Rmd с примером, упомянутым в вопросе:

---
title: "Presentation"
output: ioslides_presentation
---

## Slide 1 - page 2

This is the first slide. With links to other slides:

'''{r echo=FALSE}
input <- data.frame(text = c("a", "b", "c"), 
                    page_number = c(3, 5, 6))

htmltools::tagList(
  mapply(
    htmltools::a, 
    input$text, 
    href = sprintf("javascript:slidedeck.loadSlide(%i)", input$page_number), 
    SIMPLIFY = FALSE)
)
'''
\

If you prefer the tidyverse:

'''{r echo=FALSE, message=FALSE}
library(tidyverse)

tribble(
  ~text, ~page_number,
  "a",   3,
  "b",   5,
  "c",   6
) %>%
  transmute(
    text, 
    href = str_glue("javascript:slidedeck.loadSlide({page_number})")
  ) %>%
  pmap(~ htmltools::a(.x, href = .y)) %>%
  htmltools::tagList()
'''

## Slide 2 - page 3

Text for slide 2

## Slide 3 - page 4

Text for slide 3

## Slide 4 - page 5

Text for slide 4

## Slide 5 - page 6

Text for slide 4

Самый простой способ - использовать results='asis' в блоке кода, который создает желаемую необработанную строку. Вы можете заключить его в необработанный HTML-блок, чтобы убедиться, что он не читается как Markdown, а рассматривается как HTML.

~~~{=html}
'''{r, echo=FALSE, results='asis'}
input <- data.frame(text = c("a", "b", "c"), 
                    page_number = c(3, 5, 6))
links <- paste('<a href="', input$text, '">', input$page_number, "</a>", sep="")
cat(links, sep = "\n")
'''
~~~

Извините, я не могу комментировать, но вы хотите куски JavaScript? если да, то поможет ли это вам?

Первый

install.package(knitr)

Тогда в вашем файле R Markdown:

'''{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
'''

а также

'''{js}
some javascript code in here
'''