Сохранить данные JSON во временном файле и удалить через 24 часа?

Используйте file_put_contents для хранения данных, но создайте некоторый префикс для каждого пользователя, чтобы вы могли иметь отдельные файлы и получать их после:

 $json_array = array(); 
 while($row = mysqli_fetch_assoc($result)) 
 { 
 $json_array[] = $row; 
 } 

 $final_array = json_encode($json_array);
 $generatedName = 'userIDprefix_userData' .  '.json'; //replace userIDprefix with user ID, this way we can use prefix to store different files per user, and retrieve file for user
 //use file put contents to store data 
 file_put_contents('path/to/json/data/' . $generatedName , $final_array);

Используйте file_get_contents() чтобы получить данные файла:

 $generatedName = 'userIDprefix_userData' .  '.json'; //replace userIDprefix with user ID, this way we can use prefix to store different files per user, and retrieve file for user
 //use file put contents to store data 
 $userJSONData = file_get_contents('path/to/json/data/' . $generatedName );

А затем настройте cron на запуск, скажем, каждые 5 минут, используя glob и filemtime чтобы просмотреть filemtime в котором вы храните данные, и filemtime чтобы получить метку времени файла, сравнить с текущей датой и удалить, если он старше 24 часов.

$past24hours = strtotime('-24 hours');
foreach (glob("path/to/json/data/*.json") as $filename) {
   if( filemtime($filename) < $past24hours ){
     unlink($filename);
    }
}

Настройте cron для запуска файла, в котором должен запускаться скрипт удаления файлов json, скажем, каждые 10 минут:

*/10 * * * * /usr/bin/php /path/to/script/to/delete-json.php

Замечания:

Не устанавливайте для этой папки разрешения 777, по крайней мере, 775 или даже 755. Кроме того, чтобы предотвратить прямой доступ к файлам .json, поместите в эту папку как минимум пустые index.php и .htaccess с содержимым:

#forbid access to folders and to files  
 RewriteEngine on 
 RewriteRule \.(json|txt)$ - [F] 
 deny from all