Mysql оптимизационный запрос на 2 таблицы

В качестве варианта вы можете попробовать следующее

select m.annee,sum(m.var1)
from db1.table1 m
join
  (
    select t1.code code1,t2.code code2
    from db2.table2 t1
    join db2.table2 t2 on t1.var1='Test2' and t2.var1=t1.var1 and t1.code<t2.code
  ) c
on (m.code=c.code1 and m.code2=c.code2) or (m.code=c.code2 and m.code2=c.code1)
group by m.annee
order by m.annee desc

Я использовал JOIN вместо CROSS JOIN и JOIN вместо двух IN.

И если это вам подходит, вы можете попробовать оптимизировать запрос

select m.annee,sum(m.var1)
from db2.table2 t1
join db2.table2 t2 on t1.var1='Test2' and t2.var1=t1.var1 and t1.code<t2.code
join db1.table1 m on (m.code=t1.code and m.code2=t2.code) or (m.code=t2.code and m.code2=t1.code)
group by m.annee
order by m.annee desc

Первый JOIN возвращает все комбинации для test2. Существуют (11,12) и (11,14)

db2.table2 t1
join db2.table2 t2 on t1.var1='Test2' and t2.var1=t1.var1 and t1.code<t2.code

И вторая JOIN проверяет строки из table1 на эти комбинации

join db1.table1 m on (m.code=t1.code and m.code2=t2.code) or (m.code=t2.code and m.code2=t1.code)

Попробуйте также проверить следующий вариант

select m.annee,sum(m.var1)
from db2.table2 t1
join db2.table2 t2 on t1.var1='Test2' and t2.var1=t1.var1 and t1.code<>t2.code
join db1.table1 m on m.code=t1.code and m.code2=t2.code
group by m.annee
order by m.annee desc

Если последний вариант возвращает правильный результат, вы можете попытаться добавить индекс для (code,code2) в table1

CREATE INDEX idx_table1_code_code2 ON db1.table1 (code,code2)

Я попытался сделать вашу логику запросов более простой. Надеюсь, что эта помощь

    select annee,sum(var1) 
        from db1.table1 as M where 
            exists( select var1 from db2.table2 t2 
                        where t2.var1='Test2' 
                        group by t2.var1 
                        having sum(t2.code = M.code) >= 1 
                            and sum(t2.code = M.code2) >= 1 
                            and (M.code != M.code2 or sum(t2.code != M.code) >= 1))

        group by annee 
        order by annee desc

table2: INDEX(var1, code)
table1: INDEX(code, code2, annee)

Измените IN ( SELECT... ) в JOIN ( SELECT... ) ON...; первый плохо оптимизирован.

Если вы используете MySQL 5.6 или новее, то подзапросы могут быть достаточно оптимизированы. Если вы используете более старую версию, создайте TEMPORARY TABLE с дублированным подзапросом.