Как измерить время выполнения 100 программ?

вы можете изменить свой основной, как это

int main(int argc, char **argv){

   int times = 1;
   if (argc > 1)
      times = atoi(argv[1]);
   for(int counter = 0; counter < times; counter++) {
   .....
   ........
   .......
   }
}

и запустить его, как в этот time./a.out 1000

или используя файл bash 1.sh

#!/bin/bash
for i in {1..1000}
do
   ./a.out
done

бежать, как это time bash 1.sh