Как я могу сделать изотопный контейнер jQuery и установить желоб?

Основная проблема заключается в том, что вам не хватает пользовательского кода, который должен был добавить эти настраиваемые методы в прототип Isotope. Если вы посмотрите на документацию для Modified Layout Modes, в ней говорится:

Чтобы использовать эти моды, скопируйте пересмотренные методы, найденные в источнике страницы demos.

Вот два сценария, показывающие измененные режимы макета, о которых вы упомянули:

Центрировано: http://jsfiddle.net/nate/6j5X2/

Водосточные желоба: http://jsfiddle.net/nate/4D6N9/7/

Вы заметите, что даже на сайте Isotope два не показаны, работающих в комбинации друг с другом. Это потому, что они имеют взаимоисключающие функции _masonryReset, _masronyResizeChanged и ._masonryGetContainerSize. Не исключено, что они могут работать вместе, но они еще не написаны.

Вы также спросили:

Кстати, как я могу создавать элементы и быть в позиции мгновенно (например, на официальном веб-сайте) вместо того, чтобы быть "slideToggled"?

Первоначальная анимация вызвана тем, что вы назовете свой контейнер "изотоп", что означает, что он получает анимированный первый раз. Если вы назовете его чем-то другим, например контейнером (как на демонстрационной странице Isotope), он не получит класс isotope пока он не будет выложен в первый раз, что предотвратит первоначальную анимацию.