Не стоит ли хранить "хранилище ключей" внутри корневой папки проекта Android? Какие элементы упаковываются внутри APK?
Храните хранилище ключей где-то, кроме папки проекта. Вы не хотите, чтобы с вашим ключом был подписан нежелательный человек.
И нет, это не проблема, но это не рекомендуется.