Удалить связанный объект после очистки связанных полей формы

Это желаемое поведение, поскольку Doctrine является объектно-реляционным картоном. Если Manager все еще существует в вашей модели со всеми полями null он будет сохранен как строка таблицы с id и всем остальным полем null.

Тем не менее, вы можете легко добиться своего поведения в своей бизнес-логике. Простой подход заключается в том, чтобы:

public function setManager(Manager $manager = null) {
    $this->manager = $manager;
}

Обратите внимание, что важная часть - это не сам метод setter, а тот факт, что вы установили свойство null $this->manager. Затем в вашем контроллере выполните действия:

if ($form->isValid()) {
    if (<all properties are null>) {
        $entityManager->remove($company->getManager());
        $company->setManager(null);
    }
    // your other logic here
    $entityManager->persist($company);
    $entityManager->flush();
}

Конечно, это поставит некоторую логику контроллеру и не будет самым чистым методом, но станет хорошим началом. Когда вы получаете уверенность в Doctrine, вы можете реорганизовать удаление каскада и setManager(null) в EventListener, связанном с событием onFlush. Для этого см. Официальный документ.