BioPython Алфавитный суп

1

Biopython noob здесь, я пытаюсь создать программу, которая использует пакет Biopython Alphabet и модуль алфавита IUPAC, чтобы выписать буквы классов, перечисленных в файле с именем alphabetSoupOuput.txt.

  • ThreeLetterProtein
  • IUPACProtein
  • unambiguous_dna
  • ambiguous_dna
  • ExtendedIUPACProtein
  • ExtendedIUPACDNA

Каждая группа букв должна быть записана в одну строку в выходном файле, а буквы должны быть разделены запятыми. Строка перед каждой группой букв должна содержать метку, которая описывает буквы, и имеет # в первой позиции этой строки, например

Три белковых белка

Ala, Asx, Cys,..., Glx

Протеиновые буквы A, C, D, E,..., Y

Как я могу это сделать?

  • 0
    Я не знаю, как извлечь письма из classobj. есть идеи?
Теги:
bioinformatics
biopython

1 ответ

1

Об этом ответил BioStar StackExchange:

http://biostar.stackexchange.com/questions/8370/working-with-alphabet-soup

http://biostar.stackexchange.com/questions/8371/extracting-data-from-classes-in-python

Ещё вопросы

Сообщество Overcoder
Наверх
Меню