Склеить две таблицы

Предполагая, что столбцы id уникальны, а не null, вы можете "застегнуть" ваши таблицы:

1. Создание номера строки для каждой строки, которая соответствует положению строки, когда таблица упорядочена по уникальному идентификатору (как упоминал в своем комментарии полищук); а также,
2. Имитация ПОЛНОЙ ВНЕШНЕГО СОЕДИНЕНИЯ с 2 ВЛЕВОЙ ВСТРОЕННЫМИ СОЕДИНЕНИЯМИ.

Чтобы продемонстрировать, я использовал две таблицы с разным количеством строк:

CREATE TABLE foo (id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT, data TEXT);
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'a');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'b');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'c');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'd');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'e');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'f');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'g');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'h');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'i');
INSERT INTO foo VALUES (NULL, 'j');
DELETE FROM foo WHERE data IN ('b', 'd', 'f', 'i');

CREATE TABLE bar (id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT, data TEXT);
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'a');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'b');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'c');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'd');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'e');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'f');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'g');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'h');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'i');
INSERT INTO bar VALUES (NULL, 'j');
DELETE FROM bar WHERE data IN ('a', 'b');

Чтобы получить более читаемый вывод, я тогда побежал:

.headers on
.mode column

Затем вы можете выполнить эту инструкцию SQL:

SELECT COALESCE(id1, -1) AS id1, data1, 
       COALESCE(id2, -1) as id2, data2 
FROM (
    SELECT ltable.rnum AS rnum, 
           ltable.id AS id1, ltable.data AS data1, 
           rtable.id AS id2, rtable.data AS data2
    FROM
        (SElECT (SELECT COUNT(*) FROM foo 
            WHERE id <= T1.id) rnum, id, data FROM foo T1
        ) ltable
        LEFT OUTER JOIN
        (SElECT (SELECT COUNT(*) FROM bar 
            WHERE id <= T1.id) rnum, id, data FROM bar T1
        ) rtable
        ON ltable.rnum=rtable.rnum
    UNION
    SELECT rtable.rnum AS rnum, 
           ltable.id AS id1, ltable.data AS data1, 
           rtable.id AS id2, rtable.data AS data2
    FROM
        (SElECT (SELECT COUNT(*) FROM bar 
            WHERE id <= T1.id) rnum, id, data FROM bar T1
        ) rtable
        LEFT OUTER JOIN
        (SElECT (SELECT COUNT(*) FROM foo 
            WHERE id <= T1.id) rnum, id, data FROM foo T1
        ) ltable
        ON ltable.rnum=rtable.rnum)
ORDER BY rnum

Что дает вам:

id1         data1       id2         data2     
----------  ----------  ----------  ----------
1           a           3           c         
3           c           4           d         
5           e           5           e         
7           g           6           f         
8           h           7           g         
10          j           8           h         
-1                      9           i         
-1                      10          j    

Это работает "в обоих направлениях", например, если вы инвертируете две таблицы (foo и bar), вы получаете:

id1         data1       id2         data2     
----------  ----------  ----------  ----------
3           c           1           a         
4           d           3           c         
5           e           5           e         
6           f           7           g         
7           g           8           h         
8           h           10          j         
9           i           -1                    
10          j           -1