Как мне поступить с предупреждением «пакет« xxx »недоступен (для версии R xyz)»?

В последнем R (3.2.3) есть ошибка, которая несколько раз мешает найти правильный пакет. Обходным путем является установка репозитория вручную:

install.packages("lubridate", dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')

Найденное решение в другом вопросе

Кажется, что существует проблема с некоторыми версиями R и libcurl. У меня была та же проблема на Mac (R version 3.2.2) и Ubuntu (R version 3.0.2), и в обоих случаях она была решена просто, запустив ее перед командой install.packages

options(download.file.method = "wget")

Решение было предложено другом, однако я не смог его найти ни на одном из форумов, поэтому, отправляя этот ответ другим.

Это избавило меня от времени, отлаживая ошибки. Во многих случаях только зеркала устарели. Эта функция может устанавливать несколько пакетов с их зависимостями с помощью https://cran.rstudio.com/:

packages <- function(pkg){
    new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
    if (length(new.pkg))
        install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/')
    sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
}

packages(c("foo", "bar", "baz"))

Одна вещь, которая произошла для меня, заключается в том, что версия R, предоставленная моим дистрибутивом Linux (версия R.0.0.2, предоставленная Ubuntu 14.04), была слишком старой для последней версии пакета, доступного на CRAN (в моем случае plyr версия 1.8.3 на сегодняшний день). Решение состояло в том, чтобы использовать систему упаковки моего дистрибутива вместо того, чтобы пытаться установить из R (apt-get install r-cran-plyr получила меня версия 1.8.1 от plyr). Возможно, я мог бы попробовать обновить R с помощью updateR(), но я боюсь, что это повлияет на мой менеджер пакетов распространения.

11. R (или другая зависимость) устарела, и вы не хотите ее обновлять.

Предупреждение. Это не совсем лучшая практика.

• Загрузите исходный код.
• Перейдите к файлу DESCRIPTION.

• Удалите строку нарушения с помощью текстового редактора, например.

  Depends: R (>= 3.1.1)
  

• Установить из локального (т.е. из родительского каталога DESCRIPTION), например.

  install.packages("foo", type="source", repos=NULL)
  

Это то, что я, наконец, смог сделать для установки пакета psych в R-3.4.1, когда получил то же предупреждение

1: Googled для этого пакета.

2: загрузите его вручную с расширением tar.gz

3: выберите вариант "Файл архива пакетов (.zip;.tar.gz)" для установки пакетов в R

4: просматривается локально в том месте, где оно было загружено и нажато установить

Вы можете получить предупреждение: "xyz" зависимостей недоступны для пакета, затем сначала установите их из репозитория, а затем выполните шаги 3-4 .

У меня была такая же проблема (в Linux), что можно было решить, изменив настройки прокси-сервера. Если вы находитесь за прокси-сервером, проверьте конфигурацию с помощью Sys.getenv("http_proxy") внутри R. В моем ~/.Renviron у меня были следующие строки (из https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use-an-HTTP-or-HTTPS-Proxy), вызывающие проблему:

http_proxy=https://proxy.dom.com:port
http_proxy_user=user:passwd

Изменение его на

http_proxy="http://user:[email protected]:port"

решил проблему. Вы можете сделать то же самое для https.

Это была не первая мысль, когда я читал: "пакет xxx недоступен для r-версии-x-y-z"...

НТН

Я исправил эту ошибку на Ubuntu, тщательно следуя инструкциям для установки R. Это включало:

• добавление deb http://cran.utstat.utoronto.ca/bin/linux/ubuntu trusty/ в файл /etc/apt/sources.list
• Запуск sudo apt-get update
• Запуск sudo apt-get install r-base-dev

Для шага 1 вы можете выбрать любое зеркало для загрузки CRAN вместо моего университета в Торонто, если хотите.

Я допустил ошибку, забыв положить repos=NULL при установке пакета R из исходного кода. В этом случае сообщение об ошибке несколько вводит в заблуждение: package 'foobarbaz' is not available (for R version xyz)

Проблема была не в версии R, это был параметр repos. Я install.packages('path/to/source/code/of/foobarbaz', type='source', repos=NULL) который работал для меня по этому поводу.

Надеюсь, это поможет кому-то.

Как упоминалось здесь (на французском языке), это может произойти, если на вашем компьютере установлены две версии R. Удалите самую старую, а затем повторите попытку установки пакета! Это сработало для меня.

Это почти всегда работает для меня, когда я использую биокондуктор в качестве источника, а затем вызываю biocLite. Пример:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

Еще одно небольшое дополнение при попытке протестировать старую версию R с использованием изображения докеры rocker/r-ver:3.1.0

• Значение по умолчанию repos MRAN, и это не позволяет получить много пакетов.
• В этой версии R нет https, поэтому, например: install.packages("knitr", repos = "https://cran.rstudio.com"), похоже, работает.

Я столкнулся с той же проблемой при установке "настроя" пакета. Начинал поиск и пробовал много команд. Наконец, пакет устанавливается с помощью следующей команды:

install_url("http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/sentiment/sentiment_0.2.tar.gz")