Как читать файлы с FTP без скачивания их?

Ну, я не совсем уверен, что вы подразумеваете под "загрузкой". Чтобы получить что-то через FTP, вы должны выпустить команду FTP GET, которая откроет поток к вашему клиенту и начнет отправлять байты запрашиваемого файла через этот поток. Теперь большинство FTP-клиентов собирают все эти байты и записывают их в файл на локальном диске, но вы можете сделать код Java, который не выполняет эту последнюю часть, вместо этого вы можете записать байты в памяти или проанализировать их когда они входят и отбрасывают некоторые из них и т.д.

И да, я понимаю, что я не даю вам точных инструкций о том, как использовать чистую библиотеку Apache commons для этого, потому что я считаю, что вы должны сначала понять основы того, что вы пытаетесь сделать прежде чем вы начнете использовать библиотеку, которая делает абстракцию поверх всего.

Посмотрите основные операции FTP:

http://www.cs.colostate.edu/helpdocs/ftp.html

и основы ввода/вывода Java:

http://download.oracle.com/javase/tutorial/essential/io/

listFiles(), например.

http://commons.apache.org/net/apidocs/org/apache/commons/net/ftp/FTPClient.html