сохранить несколько каталогов изображений в одном файле после предварительной обработки

Question

сохранить несколько каталогов изображений в одном файле после предварительной обработки

1

Я работаю над изображениями DICOM, у меня есть 5 сканирований (папок), каждое сканирование содержит несколько изображений, после обработки некоторой предварительной обработки изображений, я хочу сохранить обработанные изображения в одном файле с помощью "np.save", у меня есть код ниже, чтобы сохранить каждую папку в отдельном файле:

data_path = 'E:/jupyter/test/LIDC-IDRI/'
patients_data = os.listdir(data_path)
for pd in range(len(patients_data)):
    full_path = load_scan(data_path + patients_data[pd])
    after_pixel_hu = get_pixels_hu(full_path)
    after_resample, spacing = resample(after_pixel_hu, full_path, [1,1,1])
    np.save(output_path + "images_of_%s_patient.npy" % (patients_data[pd]), after_resample)

load_scan - это функция для загрузки (чтения) файлов DICOM, то, что я хочу сделать с этим кодом, заключается в сохранении всех обработанных изображений в одном файле, а не в пяти файлах, может ли кто-нибудь сказать мне, как это сделать, пожалуйста?

honar.cs 21 июнь 2018, в 16:28

Источник

Теги:

python

image-processing

numpy

1 ответ

Ещё вопросы

R Balasubramanian · Answer 1 · 2018-06-21T12-08-00.000Z

Первое, что нужно заметить, это то, что вы используете %s с patients_data[pd]. Я полагаю, что patients_data - это список имен пациентов, что означает, что вы создаете другой путь вывода для каждого пациента - вы запрашиваете numpy для сохранения каждого из обработанных изображений в новом месте.

Во-вторых,.npy, вероятно, не тип файла, который вы хотите использовать для своих целей, поскольку он не обрабатывает добавление данных. Вероятно, вы захотите выбрать другой тип файла, а затем np.save() в тот же путь к файлу каждый раз.

Изменить. Что касается типа файла, то ваш лучший вариант может быть pdf, где вы можете сделать каждое из ваших изображений отдельной страницей.

@Balasubramanian спасибо за твой хороший ответ, я знаю о% s и могу играть с ним, как захочу, твой второй ответ для меня новый, можешь рассказать об этом подробнее, пожалуйста? какой-либо другой тип файла для этой цели?
Наверное, сначала я запутался, почему вы хотите сохранить все ваши изображения в одном файле - кажется, это усложнит дальнейшую обработку, просмотр или распространение? Разве недостаточно сохранить отдельные изображения в назначенной выходной папке?
Несмотря на это, я отредактировал свой первоначальный ответ, чтобы включить опцию с .pdf. Надеюсь, это поможет!
спасибо за усталость, я хочу отправить результат предварительной обработки в модель глубокого обучения для обучения, я вижу, проще ли это в одном файле. сохранение файлов в формате .pdf не очень хорошая опция для меня.
Вы можете уточнить эту модель глубокого обучения? без дополнительной информации я даже не уверен, почему отдельные файлы изображений не будут работать, учитывая, что вы можете использовать одно и то же соглашение об именах для автоматической загрузки многих изображений, даже если они находятся в разных файлах