ClustalW на Ubuntu

Question

ClustalW на Ubuntu

1

В кулинарной книге на биопитоне я не мог найти, как на самом деле запустить clustalw. Я сделал то, что есть в поваренной книге, но не работает clustalw просто печать

clustalw2 -infile=opuntia.fasta

Может ли кто-нибудь помочь мне, как на самом деле запустить clustalw?

Gufran GUNGOR 12 сен. 2018, в 23:08

Источник

4

Вы работаете через этот раздел? biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc81
Anonymous coward 12 сен. 2018, в 21:14
0

да, это был тот раздел
Gufran GUNGOR 15 сен. 2018, в 16:35

Теги:

python

ubuntu

bioinformatics

biopython

1 ответ

Ещё вопросы

Вы работаете через этот раздел? biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc81

Maximilian Peters · Answer 1 · 2018-09-16T08-51-00.000Z

Раздел скопирован из документации BioPython.

>>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
>>> cline = ClustalwCommandline ("clustalw2", infile = "opuntia.fasta")
>>> печать (клин)

clustalw2 -infile = opuntia.fasta

Если вы запустите

from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="opuntia.fasta")
print(cline)

он сделает 3 вещи

Импорт ClustalwCommandline модуль из BioPython
Создание объекта ClustalwCommandline
Печать представления строки объекта

Если вы хотите выполнить программу, вам нужно будет вызвать созданный объект

stdout, stderr = cline()

который затем будет запускать всю программу с предоставленными параметрами. "Нормальный" вывод будет найден в stdout и всех ошибках в stderr.

Если вы получите сообщение об ошибке, что исполняемый файл не может быть найден, вам нужно либо добавить каталог clustalw2 в свой путь, либо указать полный путь (например, cline = ClustalwCommandline("c: /users/gufran/programs/clustalw.exe", infile="opuntia.fasta").