При закрытии фабрики Hibernate все автоматически созданные таблицы удаляются.

Использование hibernate4

SessionFactory factory = new Configuration().configure()
            .buildSessionFactory();
    Session session = factory.openSession();
    session.beginTransaction();
    //do some task
    session.getTransaction().commit();
    session.close();
    factory.close();

Использование автоматической сгенерированной функции

<property name="hibernate.hbm2ddl.auto">create-drop</property>

поскольку вы можете видеть, что я закрываю свою фабрику сеансов, она отбрасывает все мои таблицы после завершения этого кода, как я вижу на консоли. Это поведение по умолчанию