HandsonTable, передавая данные в дочернее окно и window.open

Код, который возвращает ошибку:

if (this.instance.dataType === 'object' || this.instance.getSettings().columns) {
  throw new Error("Cannot create new column. When data source in an object, " +
    "you can only have as much columns as defined in first data row, data schema or in the 'columns' setting." +
    "If you want to be able to add new columns, you have to use array datasource.");

Он выполняет две проверки, и если вы отлаживаете, вы увидите, что это первая проверка, которая генерирует ошибку.

Хотя вы устанавливаете данные массивом массивов, когда вы передаете его из родительского окна, он становится объектом с объектами (это странно, но то, что говорит отладчик). Вы можете проверить его с помощью отладчика (попробуйте data instanceof Array)

Я предлагаю вам использовать JSON.stringify для передачи ваших данных во всплывающее окно, а затем использовать JSON.parse для преобразования его обратно в массив:

openWindowWith(JSON.stringify([
                ['one','two','three'],
                ['four','five','six'],
                ['seven','eight','nine']
            ]));

...

if (!data) {
              data = [
                ['one', 'two', 'three'],
                ['four', 'fix', 'six'],
                ['seven', 'eight', 'nine']
              ];
          } else data = JSON.parse(data);