Есть ли способ, которым я могу прочитать из файла mysql binarylog с кодом php и вставить запрос в БД?

Возможно, вы можете (это файл, он контент, вы можете его изменить), но вы не должны этого делать. У вас нет гарантии, что формат не изменится, что еще читает его и т.д. Если вам нужно ввести запрос в binlog, что-то может быть ужасно неправильным, и вы должны сделать это очень осторожно вручную. Если вы думаете о том, чтобы делать это на регулярной основе с помощью script, я около 99.99999% уверен, что вы неправильно решаете проблему.