Как использовать SOAP API для Perl?

Ваши второй скрипты работают, за исключением части db2db. Я предполагаю, что конверт XML SOAP, отправляемый на сервер, не в хорошей форме, при отправке с помощью SOAP :: LITE.

Я включил отладку во второй строке:

#!/usr/bin/perl -w
use SOAP::Lite +trace =>'debug';
#use SOAP::Lite;

my $client = SOAP::Lite->service('http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/webServices/bioDBnet.wsdl');

$inputs = $client->getInputs();
print $inputs;

$input = "Gene Symbol";
$outputs = $client->getOutputsForInput($input);
print $outputs;

$dirOutputs = $client->getDirectOutputsForInput($input);
print $dirOutputs;

.. Из вашей попытки 2:

# doesn't work, the created XML envelope is not in a good shape
my %db2dbParams;
$db2dbParams{'input'} = "Gene Symbol";
$db2dbParams{'outputs'} = "Gene ID, Ensembl Gene ID";
$db2dbParams{'inputValues'} = "MYC,A1BG";
$db2dbParams{'taxonId'} = "9606";
$db2dbRes = $client->db2db(%db2dbParams);
print $db2dbRes;

.. Я также попытался переписать это с помощью SOAP: Data... но не удалось.

# doesn't work, the created XML envelope is not in a good shape    
$db2dbRes = $client->db2db(
    SOAP::Data->name("db2dbParams")->type("ns1:db2dbParams")->prefix("ns1:db2db")->uri("urn:bioDBnet") =>
        SOAP::Data->type("string")->name("input" => "Gene Symbol"),
        SOAP::Data->type("string")->name("inputValues" => "MYC,MTOR"),
        SOAP::Data->type("string")->name("outputs" => "Gene ID, Affy ID"),
        SOAP::Data->type("string")->name("taxonId" => "9606")
);
print $db2dbRes;

---

Переключился на PHP, чтобы увидеть рабочий запрос. Я включил отладку в скрипте PHP для печати заголовков запросов и получения рабочего XML-запроса, сделанного с PHP, и повторно использовать его как содержимое POST из PERL. В принципе, добавив параметр trace в SoapClient, а затем сбросив последние заголовки reqeust.

<?php

$wsdl = "http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/webServices/bioDBnet.wsdl";

$client = new SoapClient($wsdl, ['trace' => 1]);

$inputs = $client->getInputs();
print $inputs;

$input = "Gene Symbol";
$outputs = $client->getOutputsForInput($input);
print $outputs;

$dirOutputs = $client->getDirectOutputsForInput($input);
print $dirOutputs;

$db2dbParams['input'] = "Gene Symbol";
$db2dbParams['outputs'] = "Gene ID, Ensembl Gene ID";
$db2dbParams['inputValues'] = "MYC,A1BG";
$db2dbParams['taxonId'] = "9606";

$db2dbRes = $client->db2db($db2dbParams);
print $db2dbRes;

echo "====== REQUEST HEADERS =====" . PHP_EOL;
var_dump($client->__getLastRequestHeaders());
echo "========= REQUEST ==========" . PHP_EOL;
var_dump($client->__getLastRequest());
echo "========= RESPONSE =========" . PHP_EOL;
var_dump($db2dbRes);

Это печатает заголовки вместе с XML, а ожидаемый результат:

Gene Symbol     Gene ID Ensembl Gene ID
MYC     4609    ENSG00000136997
A1BG    1       ENSG00000121410

Я включил "рабочие" данные XML-запроса в $ message и выполнил запрос POST.

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

use LWP::UserAgent;
use HTTP::Request;

my $message = '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<SOAP-ENV:Envelope xmlns:SOAP-ENV="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/"
xmlns:ns1="urn:bioDBnet" xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xmlns:SOAP-ENC="http://schemas.xmlsoap.org/soap/encoding/"
SOAP-ENV:encodingStyle="http://schemas.xmlsoap.org/soap/encoding/">
  <SOAP-ENV:Body>
    <ns1:db2db>
      <db2dbParams xsi:type="ns1:db2dbParams">
        <input xsi:type="xsd:string">Gene Symbol</input>
        <taxonId xsi:type="xsd:string">9606</taxonId>
        <inputValues xsi:type="xsd:string">MYC,A1BG</inputValues>
        <outputs xsi:type="xsd:string">Gene ID, Ensembl Gene ID</outputs>
      </db2dbParams>
    </ns1:db2db>
  </SOAP-ENV:Body>
</SOAP-ENV:Envelope>';

my $userAgent = LWP::UserAgent->new();
my $request = HTTP::Request->new(POST => 'http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/webServices/biodbnetSoapServer.php'); # ?debug=1
$request->content($message);
$request->content_type("text/xml; charset=utf-8");
my $response = $userAgent->request($request);

if($response->code == 200) {
    print $response->as_string;
}
else {
    print $response->error_as_HTML;
}

Наконец: рядом с заголовком мы наконец получили некоторые данные:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<SOAP-ENV:Envelope xmlns:SOAP-ENV="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/"
xmlns:ns1="http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/webServices/bioDBnet"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xmlns:SOAP-ENC="http://schemas.xmlsoap.org/soap/encoding/"
SOAP-ENV:encodingStyle="http://schemas.xmlsoap.org/soap/encoding/">
  <SOAP-ENV:Body>
    <ns1:db2dbResponse>
      <return xsi:type="xsd:string">Gene Symbol Gene ID Ensembl Gene ID
        MYC 4609 ENSG00000136997 A1BG 1 ENSG00000121410
      </return>
    </ns1:db2dbResponse>
  </SOAP-ENV:Body>
</SOAP-ENV:Envelope>

Теперь все, что вам нужно сделать, - извлечь return элемент внутри ns1:db2dbResponse из $response->as_string (возможно, используя LibXML).

Другими словами: это обходит SOAP :: Lite и использует LWP и простой запрос POST с XML, разбор XML-ответа. Вы теряете автоматическое извлечение и должны обрабатывать возвращаемые данные вручную.