Используйте LOAD DATA INFILE, чтобы загрузить два CSV-файла в одинаковые строки

Лучший способ сделать это - с помощью script. Сценарии импорта CSV обычно записываются на языке сценариев, таком как python, ruby ​​или php.

Вам просто нужен импортер для второго CSV для выполнения обновлений записей, созданных в первом CSV, поэтому script будет действительно только 5-10 строк. Если вы предоставите образец записи из каждого CSV, я был бы рад написать для вас.

Изменить: Здесь python script, чтобы объединить файлы, добавив точку с запятой между строками из файла1 и строками из файла2. В основном это делает команда Linux paste.

lines1 = open('file1.txt').readlines()
lines2 = open('file2.txt').readlines()
outfile = open('outfile.txt', 'w')

if len(lines1) != len(lines2):
    raise Exception("Files need to be the same length, but file1 is %s lines long and file2 is %s lines long" % (len(lines1), len(lines2)));

for i in range(len(lines1)):
    combined = lines1[i].strip() + ";" + lines2[i].strip() + "\n"
    outfile.write(combined)

Вы можете запустить его, сохранив его как combine.py и набрав python combine.py. Папка, в которую вы помещаете ее, должна содержать file1.txt, file2.txt и outfile.txt.