Google карты с геокодированием

Это просто потому, что внутри цикла вы делаете асинхронный вызов (geocoder.geocode), который требует различного количества времени для выполнения. Поэтому предположим, что требуется 1 секунда для второго элемента геокода в массиве и 3 секунды для геокодирования первого элемента. Тогда, очевидно, вторая функция обратного вызова элемента будет вызываться до первого и, таким образом, будет вставлять ее в полетеPlanCoordinates в первой позиции.

Просто вызовите метод sort() для массива внутри второго оператора if в коде для решения проблемы.

ОБНОВИТЬ:

var i = 0;
function geocode(){
    geocoder.geocode({
        'address': addressArr[i]
    },
    function(results, status) {
        if (status == google.maps.GeocoderStatus.OK) {
            point = results[0].geometry.location;
            place.push(results[0].address_components[1].long_name);
            flightPlanCoordinates.push(point);
            i++;
            if(addressArr[i] != null)
                geocode();

            if (flightPlanCoordinates.length == addressArr.length) {
                flightPath = new google.maps.Polyline({
                    path: flightPlanCoordinates,
                    strokeColor: "#FF0000",
                    strokeOpacity: 0.50,
                    strokeWeight: 2
                });
                flightPath.setMap(map);
            }
        }
    }
}
geocode();