Как лучше всего управлять несколькими зависимыми проектами в Git или Mercurial?

Я бы сказал, что лучший способ сделать это - сократить ваши зависимости, чтобы они могли ссылаться как внешние банки. Таким образом, когда вы делаете потенциально разрушающие изменения, вам не обязательно сразу устранять затронутые области. Поскольку они зависят от ранее построенной банки, это позволяет правильно изолировать ваше кодирование. Если вы используете что-то вроде Maven для управления вашими зависимостями, вы также получите возможность более легко отслеживать различные версии ваших фляг.

Если подпроекты достаточно автономны, я бы посоветовал их создать в виде отдельных проектов maven с отдельными репозиториями VCS.

Это даст вам модульность, в которой вы нуждаетесь, в паре с рабочим управлением зависимостями.