Intellij компилирует и собирает все классы (похоже, не использует кеш)

У меня есть следующая проблема с моей IntelliJ (v12 или v13 Ultimate). Всякий раз, когда я делаю свой проект (Ctrl + F9) или строю некоторые артефакты, он начинает строить все с нуля. Обычно он использует некоторые кеши и только компилирует классы, которые изменились, но не сегодня. Это заставляет меня тратить много времени, потому что полная сборка проекта занимает пару минут. Я заблокировал свои кеши, удалил IntelliJ полностью с моего компьютера, но не имел никакого эффекта.

Теоретически, моя конфигурация проекта идентична конфигурации моих коллег, потому что мы используем внутренний инструмент для настройки наших проектов, поэтому я более склонен думать, что это может иметь какое-то отношение к моим настройкам машины.

Примечание. Я заметил это поведение некоторое время после удаления некоторых разделов реестра, которые указывали на старую установку java. Я сомневаюсь, что это могло иметь какое-либо отношение к этой проблеме, но я подумал, что добавлю это здесь на всякий случай.

Любая помощь будет полезна. благодаря