XML-узел заменяется другим

Отложите его и используйте XML Serialization lol

Класс департаментов

using System.Xml.Serialization;

namespace Serializer
{
    public class Departments
    {
        public FST_Department FST_Department { get; set; }
        public Medicine_Department Medicine_Department { get; set; }
    }
}

Класс FST_Department

using System.Collections.Generic;

namespace Serializer
{
    public class FST_Department
    {
        public List<Course> Course_Details { get; set; }
    }
}

Медицина_Департамент класса

using System.Collections.Generic;

namespace Serializer
{
    public class Medicine_Department
    {
        public List<Course> Course_Details { get; set; }
    }
}

Класс курса

namespace Serializer
{
    public class Course
    {
        public string Course_Name { get; set; }
        public string Course_Code { get; set; }
    }
}

Чтение и запись сериализованного xml

using System.Collections.Generic;
using System.Xml.Serialization;
using System.IO;

namespace Serializer
{
    class XMLManager
    {
        private const string configFileName = "Departments.xml";

        public static Departments Read()
        {
            XmlSerializer reader = new XmlSerializer(typeof(Departments));
            using (FileStream file = File.OpenRead(Path.Combine(Global.AppRoot,      configFileName)))
            {
                return reader.Deserialize(file) as Departments;
            }
        }

        public static void Write(Departments settings)
        {
            XmlSerializer writer = new XmlSerializer(typeof(Departments));
            using (FileStream file = File.Create(Path.Combine(Global.AppRoot, configFileName)))
            {
                writer.Serialize(file, settings);
            }
        }
    }
}

Применение

        Departments depart = new Departments();
        FST_Department fst = new FST_Department();
        fst.Course_Details = new List<Course>();

        Course course = new Course();
        course.Course_Code = "1";
        course.Course_Name = "Test 1";

        fst.Course_Details.Add(course);
        course = new Course();
        course.Course_Code = "2";
        course.Course_Name = "Test2";
        fst.Course_Details.Add(course);
        depart.FST_Department = fst;

        Medicine_Department med = new Medicine_Department();
        med.Course_Details = new List<Course>();

        course = new Course();
        course.Course_Code = "3";
        course.Course_Name = "Test 3";
        med.Course_Details.Add(course);
        depart.Medicine_Department = med;

        //put it all in some kind of order in case things were added out of order
        depart.FST_Department.Course_Details.OrderBy(c => c.Course_Code);
        depart.Medicine_Department.Course_Details.OrderBy(c => c.Course_Code);

        XMLManager.Write(depart);

Выход файла XML

<?xml version="1.0"?>
<Departments xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
  <FST_Department>
    <Course_Details>
      <Course>
        <Course_Name>Test 1</Course_Name>
        <Course_Code>1</Course_Code>
      </Course>
      <Course>
        <Course_Name>Test2</Course_Name>
        <Course_Code>2</Course_Code>
      </Course>
    </Course_Details>
  </FST_Department>
  <Medicine_Department>
    <Course_Details>
      <Course>
        <Course_Name>Test 3</Course_Name>
        <Course_Code>3</Course_Code>
      </Course>
    </Course_Details>
  </Medicine_Department>
</Departments>

Вы очищаете все отделы этой линией. Итак, все, что было до этого, вытирается из файла:

xNode.RemoveAll();

Во-вторых, с вашим foreach на courses, вы добавите все курсы в этот отдел. Поскольку вы не сортируете или не фильтруете курсы по отделам, вы получаете их все в любой combobox.Text.