Как получить один предмет в пиребазе?

Это потому что

db.child("companies/data").order_by_child("id").equal_to(company_id).limit_to_first(1).get()

это запрос, потому что вы вызываете метод orderByChild() в Reference (а также метод equalTo()).

Как поясняется здесь в документе JavaScript SDK:

Даже если для запроса имеется только одно совпадение, моментальный снимок по-прежнему является списком; он просто содержит один элемент. Чтобы получить доступ к элементу, вам необходимо выполнить цикл по результату:

ref.once('value', function(snapshot) {  
  snapshot.forEach(function(childSnapshot) {
    var childKey = childSnapshot.key;
    var childData = childSnapshot.val();
    // ...   
   }); 
});

С pyrebase вы должны использовать метод each(), как описано здесь, который "Возвращает список объектов, на каждом из которых вы можете вызвать val() и key() ".

pyre_company = db.child("companies/data").order_by_child("id").equal_to(company_id).limit_to_first(1).get()
for company in pyre_company.each(): 
    print(company.val()) // {'id': 427, 'name': 'Bugbear Entertainment', 'type': 'developer'}