Java - проблемы с подстрокой

Я собираюсь показать весь мой код здесь, чтобы вы, ребята, поняли, что я делаю.

import java.io.*;

import java.util.*;

public class Plagiarism {

    public static void main(String[] args) {

        Plagiarism myPlag = new Plagiarism();

        if  (args.length == 0) {
            System.out.println("Error: No files input");
        }
        else if (args.length > 0) {
            try {
                List<String> foo = new ArrayList<String>();
                for (int i = 0; i < 2; i++) {
                    BufferedReader reader = new BufferedReader (new FileReader (args[i]));
                    foo = simplify(reader);
                        for (int j = 0; j < foo.size(); j++) {
                            System.out.print(foo.get(j));
                        }
                }

                int blockSize = Integer.valueOf(args[2]);
                System.out.println(args[2]);
                // String line = foo.toString();
                List<String> list = new ArrayList<String>();
                for (int k = 0; k < foo.size() - blockSize; k++) {
                    list.add(foo.toString().substring(k, k+blockSize));
                }
                System.out.println(list);
            }
            catch (Exception e) {
                e.printStackTrace();
            }
        }
    }

    public static List<String> simplify(BufferedReader input) throws IOException {
        String line = null;
        List<String> myList = new ArrayList<String>();

        while ((line = input.readLine()) != null) {
            myList.add(line.replaceAll("[^a-zA-Z]","").toLowerCase());
        }
        return myList;  
    }

}

Это код, который использует подстроку.

int blockSize = Integer.valueOf(args[2]);

//"foo" is an ArrayList<String> which I have to convert toString() to use substring().
String line = foo.toString();
List<String> list = new ArrayList<String>();
for (int k = 0; k < line.length() - blockSize; k++) {
    list.add(line.substring(k, k+blockSize));
}

System.out.println(list);

Когда я укажу blockSize как 4 в cmd, это результат:

[[, a, , ab, abc ]

текстовый файл (стандартизованный с использованием моего другого кода):

abcdzaabcdd

поэтому результат должен быть следующим:

[abcd, bcdz, cdza, ] etc.

Любая помощь?

Заранее спасибо.