Динамический запрос crm rest builder для отношения многих ко многим

Ваш первый запрос является асинхронным. Код после первого req.send() выполняется немедленно, тогда как вам нужно, чтобы результат вашего первого запроса был возвращен до выполнения любого другого кода.

Поэтому вам необходимо перенести второй запрос, который зависит от результата первого, в функцию обратного вызова. Затем вы вызываете эту функцию обратного вызова при успешном обратном вызове вашего первого запроса.

См. qaru.site/questions/65486/... для получения информации о функциях обратного вызова.

В стороне, ваш второй запрос не будет работать. Вы пытаетесь выполнить запрос один раз для каждого контракта, который был получен. То, что вы хотите сделать, - это создать свой фильтр OData, итерации по массиву contractArray и записи '(contractid eq ' + contractArray[i] + ') or'//...

В качестве другой стороны рассмотрите возможность использования агрегата FetchXML для подсчета записей.

Ваш код может выглядеть примерно так:

var buisnessUnitId = getFieldValue("hc_businessunit");
var worksiteId = getFieldValue("hc_worksite")[0].id;

function populateContractLookup() {        
    worksiteId = stripCurlies(worksiteId);

    if (buisnessUnitId != null) {
        buisnessUnitId = stripCurlies(buisnessUnitId[0].id);
        var condition = "_hc_businessunit_value eq " + buisnessUnitId + " and";
    }
    else {
        condition = "";
    }//to be able to count the how many contracts that would hav gotten populated to contract lookup field
    var validcontractid;
    var contractCount = 0;
    var contractArray = [];
    //this query gets all contracts based on account
    var req = new XMLHttpRequest();
    req.open("GET", Xrm.Page.context.getClientUrl() + "/api/data/v8.2/hc_account_contractset?$select=contractid&$filter=accountid eq " + worksiteId, true);
    req.setRequestHeader("OData-MaxVersion", "4.0");
    req.setRequestHeader("OData-Version", "4.0");
    req.setRequestHeader("Accept", "application/json");
    req.setRequestHeader("Content-Type", "application/json; charset=utf-8");
    req.setRequestHeader("Prefer", "odata.include-annotations=\"*\"");
    req.onreadystatechange = function () {
        if (this.readyState === 4) {
            req.onreadystatechange = null;
            if (this.status === 200) {
                var results = JSON.parse(this.response);
               // Xrm.Utility.alertDialog(results.value.length);

                for (var i = 0; i < results.value.length; i++) {
                    var contractid = results.value[i]["contractid"];
                    // Xrm.Utility.alertDialog(contractid);
                    contractArray.push(contractid);                        
                }
                // Call your callback function.
                countContracts(contractArray);
            } else {
                Xrm.Utility.alertDialog(this.statusText);
            }
        }// Xrm.Utility.alertDialog(contractArray.length) prints to the screen here
    };
    req.send();
}    

Функция обратного вызова (хотя, как я уже упоминал выше, требуется переписывание):

function countContracts(contractArray) {
    for (var i = 0; i < contractArray.length; i++) {
        Xrm.Utility.alertDialog("were in the loop"); //not reaching this loop
        var req = new XMLHttpRequest();
        req.open("GET", Xrm.Page.context.getClientUrl() + "/api/data/v8.2/contracts?$select=contractid&$filter=contractid eq " + contractArray[i] + " and  _hc_businessunit_value eq " + buisnessUnitId, true);
        req.setRequestHeader("OData-MaxVersion", "4.0");
        req.setRequestHeader("OData-Version", "4.0");
        req.setRequestHeader("Accept", "application/json");
        req.setRequestHeader("Content-Type", "application/json; charset=utf-8");
        req.setRequestHeader("Prefer", "odata.include-annotations=\"*\"");
        req.onreadystatechange = function () {
            if (this.readyState === 4) {
                req.onreadystatechange = null;
                if (this.status === 200) {
                    var results = JSON.parse(this.response);
                    Xrm.Utility.alertDialog(results.value.length);
                    for (var i = 0; i < results.value.length; i++) {
                        contractCount++;
                    }
                } else {
                    Xrm.Utility.alertDialog(this.statusText);
                }
            }
        };
        req.send();
    }
}

Вы можете попробовать переключить первый вызов как синхронный, изменив флаг, как показано ниже, и результат будет доступен сразу перед вторым вызовом.

req.open("GET", Xrm.Page.context.getClientUrl() + "/api/data/v8.2/hc_account_contractset?$select=contractid&$filter=accountid eq " + worksiteId, false);