Как я могу использовать Gradle для создания JAR с необходимыми библиотеками в подпапке (например, Eclipse) для Android?

Вы можете создать задачу Gradle для копирования, например:

task copyLibs(type: Copy) {
    from('path/to/dir/with/lib/jars/')
    into('path/to/subfolder/next/to/generated/jar/')
    include('names.jar','of.jar','jars.jar','to.jar','copy.jar')
}

copyLibs.dependsOn(build)

Edit:

task combinedJar(type: Jar) {
   from zipTree("path/to/generated.jar")
   from "path/to/subfolder/next/to/generated/jar/"
}

combinedJar.dependsOn(copyLibs)

Запустите через gradlew copyLibs. Вы можете заставить задачу зависеть от задачи сборки, которая создает ваш проект.

Обратите внимание, что вам может понадобиться также создать path/to/subfolder/next/to/generated/jar/ в задаче.