Изображение J 16 бит, подписанное буферизованное изображение

ImageJ может представлять собой подписанный 16-разрядный тип с использованием специальной функции Calibration. Метод isSigned16Bit() указывает, когда эта конкретная функция калибровки используется - это линейная калибровка m * x + b, где m = 1 и b = -32768; это можно увидеть в исходном коде ImageJ.

ImageJ предоставляет способ получения BufferedImage из ImagePlus помощью метода getImage(). Однако это всегда возвращает 8-бит BufferedImage.

Итак, следующий подход заключается в создании собственного BufferedImage с типом DataBuffer.TYPE_SHORT, который обертывает тот же самый short[] массив, который поддерживает исходный объект ImagePlus. К сожалению, из-за внутреннего представления ImageJ подписанных 16-битных данных значения будут отключены постоянным смещением 32768, например, исходное значение -444 будет сохранено в массиве ImageJ short[] как 32324. Из-за этого факт, вы должны вручную настроить все свои значения перед упаковкой в качестве BufferedImage.

Вот пример кода:

import io.scif.gui.AWTImageTools;
...

final ImagePlus imp =
    IJ.openImage("http://imagej.net/images/ct.dcm.zip");

// get pixels array reference
final short[] pix = (short[]) imp.getProcessor().getPixels();
final int w = imp.getWidth();
final int h = imp.getHeight();
final boolean signed = imp.getCalibration().isSigned16Bit();

if (signed) {
    // adjust raw pixel values
    for (int i=0; i<pix.length; i++) {
        pix[i] -= 32768;
    }
}

// convert to BufferedImage
final BufferedImage image = AWTImageTools.makeImage(pix, w, h, signed);

Для фактического преобразования short[] в BufferedImage этом коде используются утилиты утилиты SCIFIO library AWTImageTools.makeImage. SCIFIO входит в дистрибутив ImageJ от Fiji. Альтернативно, это всего лишь несколько строк кода, которые легко скопировать и вставить из рассматриваемой процедуры.