Ошибка импорта при импорте файла Python. Python

Question

Ошибка импорта при импорте файла Python. Python

1

У меня есть файл python, который импортирует несколько пакетов, используя следующий код:

from pyzoltan.core.carray import UIntArray, DoubleArray
from pyzoltan.core import zoltan

Первые два импорта, то есть UIntArray и DoubleArray, успешно импортируются, но третий импорт, т.е. zoltan дает ImportError.

pyzoltan/core содержит следующие файлы:

|-- __init__.py
|-- __init__.pyc
|-- carray.pxd
|-- carray.pxd.mako
|-- carray.pyx
|-- carray.pyx.mako
|-- carray.so
|-- generator.py
|-- generator.pyc
|-- msstdint.h
|-- tests
|   |-- 3d_partition.py
|   |-- 3d_partition.pyc
|   |-- __init__.py
|   |-- __init__.pyc
|   |-- __pycache__
|   |   |-- test_zoltan.cpython-27-PYTEST.pyc
|   |-- geometric_partitioner.py
|   |-- geometric_partitioner.pyc
|   |-- mesh.txt
|   |-- test_zoltan.py
|   |-- test_zoltan.pyc
|   |-- zcomm.py
|   |-- zcomm.pyc
|-- zoltan.pxd
|-- zoltan.pyx
|-- zoltan_comm.pxd
|-- zoltan_comm.pyx
|-- zoltan_dd.pxd
|-- zoltan_dd.pyx
|-- zoltan_utils.py
|-- zoltan_utils.pyc

Является ли проблема из-за отсутствия zoltan.mako и zoltan.so или чего-то еще?

invincibly cool 04 авг. 2018, в 13:22

Источник

Теги:

python

cython

2 ответа

Ещё вопросы

John Zwinck · Answer 1 · 2018-08-04T09-50-00.000Z

У вас есть carray.so но не zoltan.so. Каким бы ни был построенный процесс сборки, первый должен иметь возможность производить и последнее (т. cython zoltan.pyx cython на zoltan.pyx и zoltan.pxd).

unutbu · Answer 2 · 2018-08-04T08-25-00.000Z

Вам не хватает файла pyzoltan/core/zoltan.so.

Файл .pyx может быть скомпилирован Cython в .c файл, который может быть скомпилирован компилятором C для файла .so (или .pyd в Windows).

Существует несколько способов создания кода Cython. Нормальным/рекомендуемым способом является запись файла setup.py distutils/setuptools. Содержимое может выглядеть примерно так:

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize

setup(
    ext_modules=cythonize("zoltan.pyx")
)

и затем вы можете создать файл .so, выполнив

python setup.py build_ext --inplace

Но на самом деле вам не нужно писать собственный setup.py. Если вы устанавливаете основные зависимости (и убедитесь, что они удовлетворяют требованиям к версии), следуйте инструкциям по установке, после чего вы должны zoltan.

Мне удалось скомпилировать zoltan.so с помощью setup.py но теперь при запуске кода на python я получаю еще одну ошибку импорта, ImportError: /home/invinciblycool/Documents/SEM5/pdc_lab/venv/local/lib/python2.7/site-packages/pyzoltan/core/zoltan.so: undefined symbol: Zoltan_Set_Obj_List_Fn Я знаю, что это может быть очень трудно понять, но любая помощь приветствуется.
Да, я уже установил PySPH с pip, но скрипт, включающий zoltan в качестве требования, не работает из-за той же ошибки, в то время как зависимости ядра, кажется, работают совершенно нормально.
И pyzoltan не является частью PySPH, пожалуйста, обратитесь к инструкции по установке. If you want to use PySPH in parallel, you will need mpi4py and the Zoltan data management library. PySPH will work in serial without mpi4py or Zoltan. Simple build instructions for Zoltan are included below.
Инструкции относятся к сценарию сборки: ./build_zoltan.sh INSTALL_PREFIX . Если у вас возникли проблемы с запуском сценария сборки, в вашем вопросе должен отображаться результат, полученный после выполнения этой команды.