Как запустить пакет в среде Anaconda?

1

Я новичок и пытаюсь запустить пакет Trimmomatic, который находится в среде Anaconda. Я пытался широко использовать Google, как фактически запускать программу в среде, и я ничего не могу найти. Я обычно код в bash, так что это все новое для меня. Любая помощь будет фантастической! Я могу загрузить среду:

module load anaconda/2-4.2.0_cent
source activate base

Но я понятия не имею, как заставить пакет работать. Заранее спасибо!

  • 1
    Что означает запуск пакета? Вы имеете в виду использовать его, импортируя их?
  • 0
    Есть программа под названием Trimmomatic, которую я использую в своем метагеномном конвейере, которую я запускаю удаленно на суперкомпьютере из моей командной строки. Раньше он загружался только на суперкомпьютер, но недавно был перемещен для включения в среду анаконды. Я могу попасть в среду анаконды, но не могу понять, как запустить программу. Опять же, я пишу код на bash и понятия не имею, как использовать python, и я не очень хорош в кодировании. Я прошу прощения, если я использовал неправильную терминологию ранее.
Теги:
anaconda

1 ответ

1

Когда вы устанавливаете anaconda, вам предоставляется возможность добавить его в ваш $PATH, а по умолчанию - нет.

Помещение каталога anaconda на ваш путь является необходимым первым шагом, так как это позволяет вам использовать команду conda которая использует пучок.

Я собираюсь предположить, что вы установили anaconda в /home/me/anaconda3/. Если вы установили Anaconda2, замените anaconda3/ на anaconda2/.

Прежде всего, сделайте следующее:

~$ [export] PATH="/home/me/anaconda3/bin:$PATH"
~$ conda --version
conda <X.Y.Z>

После того, как вы подтвердили, что conda находится на вашем пути, у вас уже будет доступ к base env, но вы можете дважды проверить:

~$ conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /home/me/anaconda3
~$ which python
/home/me/anaconda3/bin/python

Если вы хотите создать новый venv, venv делает это очень просто:

conda create python=2.7 -n py27env
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/me/anaconda3/envs/py27env

added / updated specs:
  - python=2.7


The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
wheel-0.31.1               |           py27_0          62 KB
python-2.7.15              |       h1571d57_0        12.1 MB
certifi-2018.8.13          |           py27_0         139 KB
pip-10.0.1                 |           py27_0         1.7 MB
setuptools-40.0.0          |           py27_0         583 KB
------------------------------------------------------------
                                       Total:        14.6 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

ca-certificates: 2018.03.07-0
certifi:         2018.8.13-py27_0
ncurses:         6.1-hfffgggg474d3e_0
openssl:         1.0.2p-h14c325_0
pip:             10.0.1-py27_0
python:          2.7.15-h1571e57_0
readline:        7.0-ha6073c88_4
setuptools:      40.0.0-py27_0
wheel:           0.31.1-py27_0
zlib:            1.2.11-ha838bed_2
...

Proceed ([y]/n)?

Теперь просто нажмите "Да", "Конда" сделает это, и вы получите немного подсказки о том, как использовать source activate, и вам хорошо идти!

Для полноты, здесь еще пара строк bash для двойной проверки:

~$ source activate py27env
(py27env) ~$ which python
/home/me/anaconda3/envs/py27env/bin/python
(py27env) ~$ conda env list
~$ conda env list
# conda environments:
#
base                     /home/me/anaconda3
py27env               *  /home/me/anaconda3/envs/py27env

Надеюсь это поможет!

  • 0
    о праве
  • 0
    видите, я не установил анаконду. Anaconda установлена на удаленном сервере / суперкомпьютере, в который я вхожу через командную строку. У меня есть разрешения на использование анаконды, но я ничего не могу установить. Я могу загрузить среду анаконды, все, что я пытаюсь сделать, это запустить программу, которая находится в среде анаконды.
Показать ещё 1 комментарий

Ещё вопросы

Сообщество Overcoder
Наверх
Меню