Я новичок и пытаюсь запустить пакет Trimmomatic, который находится в среде Anaconda. Я пытался широко использовать Google, как фактически запускать программу в среде, и я ничего не могу найти. Я обычно код в bash, так что это все новое для меня. Любая помощь будет фантастической! Я могу загрузить среду:
module load anaconda/2-4.2.0_cent
source activate base
Но я понятия не имею, как заставить пакет работать. Заранее спасибо!
Когда вы устанавливаете anaconda, вам предоставляется возможность добавить его в ваш $PATH
, а по умолчанию - нет.
Помещение каталога anaconda на ваш путь является необходимым первым шагом, так как это позволяет вам использовать команду conda
которая использует пучок.
Я собираюсь предположить, что вы установили anaconda в /home/me/anaconda3/
. Если вы установили Anaconda2, замените anaconda3/
на anaconda2/
.
Прежде всего, сделайте следующее:
~$ [export] PATH="/home/me/anaconda3/bin:$PATH"
~$ conda --version
conda <X.Y.Z>
После того, как вы подтвердили, что conda
находится на вашем пути, у вас уже будет доступ к base
env, но вы можете дважды проверить:
~$ conda env list
# conda environments:
#
base * /home/me/anaconda3
~$ which python
/home/me/anaconda3/bin/python
Если вы хотите создать новый venv
, venv
делает это очень просто:
conda create python=2.7 -n py27env
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/me/anaconda3/envs/py27env
added / updated specs:
- python=2.7
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
wheel-0.31.1 | py27_0 62 KB
python-2.7.15 | h1571d57_0 12.1 MB
certifi-2018.8.13 | py27_0 139 KB
pip-10.0.1 | py27_0 1.7 MB
setuptools-40.0.0 | py27_0 583 KB
------------------------------------------------------------
Total: 14.6 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
ca-certificates: 2018.03.07-0
certifi: 2018.8.13-py27_0
ncurses: 6.1-hfffgggg474d3e_0
openssl: 1.0.2p-h14c325_0
pip: 10.0.1-py27_0
python: 2.7.15-h1571e57_0
readline: 7.0-ha6073c88_4
setuptools: 40.0.0-py27_0
wheel: 0.31.1-py27_0
zlib: 1.2.11-ha838bed_2
...
Proceed ([y]/n)?
Теперь просто нажмите "Да", "Конда" сделает это, и вы получите немного подсказки о том, как использовать source activate
, и вам хорошо идти!
Для полноты, здесь еще пара строк bash для двойной проверки:
~$ source activate py27env
(py27env) ~$ which python
/home/me/anaconda3/envs/py27env/bin/python
(py27env) ~$ conda env list
~$ conda env list
# conda environments:
#
base /home/me/anaconda3
py27env * /home/me/anaconda3/envs/py27env
Надеюсь это поможет!