Всегда индексируйте 0 при переборе списка

Вероятно, потому что indexOf() возвращает первый индекс экземпляра объекта, который equals() объекту, который вы проверяете, и у вас должно быть много разных Location, которые считаются значимо равными. Это может быть связано с тем, что вы неправильно переопределили метод equals для Location или просто не рассматривали последствия вашего конкретного переопределения.

Взгляните на следующий пример, демонстрирующий вашу проблему, за исключением объектов String;

        ArrayList<String> als = new ArrayList<String>();
        als.add("a");
        als.add("b");
        als.add("c");
        als.add("d");
        als.add("e");

        for(String s : als) System.out.print(als.indexOf(s));

        als = new ArrayList<String>();
        als.add(new String("a"));
        als.add(new String("a"));
        als.add(new String("a"));
        als.add(new String("a"));
        als.add(new String("a"));
        System.out.println();
        for(String s : als) System.out.print(als.indexOf(s));

Это результаты;

01234
00000

В последние 5 выводимые 0 с, s String вы проверить массив для может быть второй или более String в массиве, но он оказывается по значению равно (как определено String классов equals() внахлест) в String в первый индекс, и поэтому он всегда будет возвращать 0. Попробуйте приведенный выше пример с массивом объектов вместо этого, и они никогда не считаются равными, если они не относятся к одному и тому же объекту в памяти.

Подтвердить метод равенства или проверить, что экземпляр не является нулевым. Это реализация метода на ArrayList, чтобы понять, почему.

public int indexOf(Object o) {
    if (o == null) {
        for (int i = 0; i < size; i++)
            if (elementData[i]==null)
                return i;
    } else {
        for (int i = 0; i < size; i++)
            if (o.equals(elementData[i]))
                return i;
    }
    return -1;
}

Обычно for (Location location: locations) выполняется indexOf() по объектам в списке мест. Когда вызывается indexOf() он использует equals и hashCode для поиска конкретного объекта, но я думаю, что вы не реализуете методы equals и hashCode класса Location. Попробуйте выполнить их и проверить.