как сделать две темы не может получить доступ к одной и той же папке

Не могли бы вы иметь статическую переменную, которая была бы счетчиком для имени папки?

Что-то вроде:

private static int _folderNameCounter = 0;
private static readonly object _padlock = new object();
public static int GetFolderCounter()
{
     lock(_padlock)
     {
         _folderNameCounter++;
         return _folderNameCounter;
     }
}

public static void Main()
{
        for(int i = 0; i < 20; i++)
        {

            Task.Factory.StartNew(() => 
             {
                var path = @"c:\temp\" + GetFolderCounter();
                Directory.CreateDirectory(path);
                // add your own code for the thread here
             });
        }

}

Примечание. Я использовал TPL вместо использования потоков напрямую, так как считаю, что TPL - лучшее решение. Конечно, у вас могут быть особые требования, которые могут означать, что Threads - лучшее решение для вашего дела.

Используйте BlockingCollection<T> и заполните коллекцию номерами папок. Каждая задача обрабатывает элемент коллекции, и сама коллекция обрабатывает многопоточность, так что каждый элемент обрабатывается только одним пользователем.

// Define the blocking collection with a maximum size of 15.
const int maxSize = 15;
var data = new BlockingCollection<int>(maxSize);

// Add the data to the collection.
// Do this in a separate task since BlockingCollection<T>.Add()
// blocks when the specified capacity is reached.
var addingTask = new Task(() => {
    for (int i = 1; i <= 20; i++) {
        data.Add(i);
    }
).Start();

// Define a signal-to-stop bool
var stop = false;

// Create 15 handle tasks.
// You can change this to threads if necessary, but the general idea is that
// each consumer continues to consume until the stop-boolean is set.
// The Take method returns only when an item is/becomes available.
for (int t = 0; t < maxSize; t++) {
    new Task(() => {
        while (!stop) {
            int item = data.Take();
            // Note: the Take method will block until an item comes available.
            HandleThisItem(item);
        }
    }).Start();
};

// Wait until you need to stop. When you do, set stop true
stop = true;