Записать вложенную сеть в файл (например, gml, graphml или nnf), используя networkx

1

В настоящее время я пытаюсь построить модель блока, используя пакет python networkx. Я обнаружил, что функция networkx.quotient_graph может использоваться для этого задания:

g_block = nx.quotient_graph(G=g, partition=node_list, relabel=True)

На следующем шаге я хочу экспортировать сгенерированный графа блоков "g_block" в файл, который впоследствии импортирует его в средство визуализации, которое поддерживает, например, графические файлы.

nx.write_graphml(g_block, 'test_block.graphml')

Однако это приводит к ошибке:

{KeyError} class 'networkx.classes.graphviews.SubDiGraph'

Может кто-нибудь помочь?

Теги:
graph
cytoscape
networkx
graphml

1 ответ

0

В настоящее время networkx (версия 2.2) не поддерживает вложенные графики таким образом, что вы можете легко экспортировать и визуализировать. Подумайте о том, как использовать graphviz для обработки вашего вложенного графика и экспортировать его в точечный формат.

Для работы с версией графика networkx вы можете преобразовать pygraphviz в график networkx и наоборот, сохраняя свойство "graph" для узлов (которое семантически является подграфом), аналогично результату quotient_graph.

Ниже приведен пример преобразования небольшого networkx графика в pygraphviz с подграфами и экспорта его в виде dot файла:

import networkx as nx
import pygraphviz as pgv

G = nx.erdos_renyi_graph(6, 0.5, directed=False)
node_list = [set([0, 1, 2, 3]), set([4, 5])]
pgv_G = pgv.AGraph(directed=True)
pgv_G.add_edges_from(G.edges())
for i, sub_graph in enumerate(node_list):
    pgv_G.add_subgraph(sub_graph, name=str(i))

print(pgv_G)
pgv_G.write("test_pgv.dot")

Обратите внимание, что netwrokx также позволяет писать и читать "dot" формат (см. Пример), однако, поскольку встроенная поддержка вложенных графиков не является слишком полезной для этой цели.


Причина, по которой вы не можете написать quotient_graph, двояка:

  1. В quotient_graph каждый узел имеет свойство "graph", которое является SubDiGraph (или SubGraph, если исходный граф неориентирован). SubDiGraph - это ReadOnlyGraph что означает, что его невозможно записать с помощью стандартных networkx.readwrite.
  2. Даже если мы преобразуем SubDiGraph в DiGraph, не каждый формат графического файла позволяет кодировать свойство "graph". Например, формат graphml поддерживает примитивные свойства, такие как логические значения, целые числа и т.д. Подробнее читайте здесь.

Одно решение, которое работает, чтобы решить первую проблему, перекрывая свойство "графа" с DiGraph копией оригинального SubDiGraph. Второй вопрос можно просто решить, используя другой формат файла (например, формат pickle может работать). Читайте о всех поддерживаемых форматов здесь.

Ниже приведен рабочий пример:

g_block = nx.quotient_graph(G=G, partition=node_list, relabel=True)

def subdigraph_to_digraph(subdigraph):
    G = nx.DiGraph()
    G.add_nodes_from(subdigraph.nodes())
    G.add_edges_from(subdigraph.edges())
    return G

for node in g_block:
    g_block.nodes[node]['graph'] = subdigraph_to_digraph(g_block.nodes[node]['graph'])

nx.write_gpickle(g_block, "test_block.pickle")

Это позволяет писать и загружать вложенный граф для использования с netwrokx, однако с целью использования экспортированного файла в инструменте визуализации это не слишком полезно.

Ещё вопросы

Сообщество Overcoder
Наверх
Меню