JS - Выполнить обещания в порядке с $ q.when (), как мне добавить наконец?

Это зависит от того, что вы хотите сделать.

Вы создаете обещание цепи, так что если вы хотите сингл, finally, для цепи, просто добавьте его в конце после того, как строить его с этим forEach:

// ...your forEach here, then:
chain.finally(/*...*/);

Если вы хотите, finally выполнить каждое обещание от generateConfiguration, либо предоставите себе функцию-оболочку, либо сделайте это внутри обратного вызова forEach.

$scope.combinations.forEach(function(combination) {
    chain = chain.then(function() {
        return generateConfiguration(combination).finally(/*...*/); // <== 
    });
});

Сторона примечания: Там более идиоматический способ построить эту цепочку, посредством reduce:

var chain = $scope.combinations.reduce(function(chain, combination) {
    return chain.then(function() {
        return generateConfiguration(combination);
    });
}, Promise.resolve());

Добавление окончательного finally варианта (вариант № 1 выше):

var chain = $scope.combinations.reduce(function(chain, combination) {
        return chain.then(function() {
            return generateConfiguration(combination);
        });
    }, Promise.resolve())
    .finally(function() {
        // ...do stuff here...
    });