Я хочу получить 100000 записей по SQL-запросу, используя MySql Xampp и сохранить в массив, но он не получает даже 16000 и останавливается или показывает

Не уверен, каково ваше точное требование этого кода. Но эффективность запросов кажется очень низкой. В вашем запуске слишком много запросов, которые извлекают только одну строку для каждого запроса.

    select id from shipment Limit 1 OFFSET 0
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 1
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 2
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 3
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 4
    select id from shipment Limit 1 OFFSET 5
    ...

Попробуйте это и посмотрите сами

//$link=  mysqli_connect("localhost","root","","example");
//if (mysqli_connect_error()) {
//    echo "error";
//}
$rows=array();
$count=0;
for( $J=0; $J<=3; $J++) {
    $count = $count + 10;
    for($i=1;$i<=$count;$i++) {
         $offset_var=$i-1;
         $query="select id from shipment Limit 1 OFFSET " . $offset_var;
         //$result=  mysqli_query($link, $query);
         //while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
         //    $rows[]= $row;
         //}
         echo $query."\n";
    }
}
//mysqli_close($connection);
//echo "<pre>";print_r($rows);echo "</pre>";

Если вы хотите запустить запрос, чтобы получить 4000 результатов на страницу/запрос?

Тогда следующий код будет делать это в 26 запросах

$link=  mysqli_connect("localhost","root","","example");
if (mysqli_connect_error()) {
    echo "error";
}
$rows=array();
$page_size=4000;
$total_records=100000;

$count=ceil($total_records/$page_size);
for($i=0; $i<=$count; $i++) {
   $offset_var = $i * $page_size;
   $query = "select id from shipment Limit ".$page_size." OFFSET ".$offset_var;
   $result=  mysqli_query($link, $query);
     while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
       $rows[]= $row;
     }
}
mysqli_close($connection);
echo "<pre>";print_r($rows);echo "</pre>";