Импорт переменных матрицы замещения на основе ввода строки Python

1

Я пытаюсь импортировать матрицу замещения для реализации алгоритма Needleman-Wunsch в Python на основе заданного ввода. Если я хочу выбрать одну матрицу, я могу сделать это следующим образом:

from Bio.SubsMat import MatrixInfo as matlist
scoring_mat = matlist.blosum62

Что мне нужно сделать, если я хочу импортировать любую матрицу на основе ввода? У меня есть это на данный момент:

def blosum(name):
    index = str(name)
    x= "blosum"+index
    return x

a= blosum(62)
scoring_mat = matlist.a

К сожалению, это дает мне следующую ошибку:

AttributeError: module 'Bio.SubsMat.MatrixInfo' has no attribute 'a'

Что мне нужно сделать, чтобы он работал?

Заранее спасибо!

Теги:
bioinformatics
biopython

1 ответ

-1

scoring_mat = getattr(matlist,a) попробуйте scoring_mat = getattr(matlist,a). Это сработало для меня.

Ещё вопросы

Сообщество Overcoder
Наверх
Меню