Я использую диаграммы слияния, у меня нет проблем с получением данных и их добавлением.
Проблема в том, что когда у меня есть приложение внутри iframe, часть графика слияния выходит выше iframe и перекрывается с содержимым, расположенным над ним на родительской странице при прокрутке родительской страницы.
Попробуйте установить wMode на FusionCharts, используя .setTransparent(false)
в экземпляре диаграммы перед рендерингом.