У меня массивная страница, но я подтвердил ошибку в JS FIDDLE
<li><input class="<?php echo $env;?>" type="checkbox" > This is Item 1</li>
Это строка с ошибкой.
Он не читает имя класса как переменную равную?
я что-то упустил или вы не можете этого сделать?
Измените свой HTML как
<body>
<a href="http://jquery.com/">jQuery</a>
<?php $env = "env" ?>
<ul class="chk-container">
<li><input class="selecctall" type="checkbox"> Selecct All</li>
<li><input class="<?php echo $env;?>" type="checkbox" > This is Item 1</li>
<li><input class="checkbox1" type="checkbox" > This is Item 2</li>
<li><input class="checkbox1" type="checkbox" > This is Item 3</li>
<li><input class="checkbox1" type="checkbox" > This is Item 4</li>
<li><input class="checkbox1" type="checkbox" > This is Item 5</li>
<li><input class="checkbox1" type="checkbox" > This is Item 6</li>
<li><input class="checkbox2" type="checkbox" > Do not select this</li>
</ul>
</body>
Проблема в том, что вы не закрываете тег php
<?php $env = "env"; ?>