Unset данные в многомерном массиве

http://docs.php.net/manual/en/control-structures.foreach.php говорит:

Чтобы иметь возможность напрямую изменять элементы массива в цикле, перед значением $ value нужно указать &. В этом случае значение будет присвоено по ссылке.

Это то, что вы должны использовать для изменения отдельных элементов строк при использовании двух циклов foreach.

<?php
$csv = [
    [1,2,3,4,5],
    [2,3,4,5,6],
    [3,4,5,6,7],
    [4,5,6,7,8],
];

// make $row a reference
// so that unset($row[...]) affects $csv and not only a "copy".
foreach( $csv as &$row ) { 
    foreach( $row as $key=>$column ) {
        if ( 0===$column%2 ) { // e.g. remove all even elements
            unset( $row[$key] );
        }
    }
}

var_export($csv);

печать

array (
  0 => 
  array (
    0 => 1,
    2 => 3,
    4 => 5,
  ),
  1 => 
  array (
    1 => 3,
    3 => 5,
  ),
  2 => 
  array (
    0 => 3,
    2 => 5,
    4 => 7,
  ),
  3 => 
  array (
    1 => 5,
    3 => 7,
  ),
)

Или (тот же вывод) без петель foreach.

<?php
$csv = [
    [1,2,3,4,5],
    [2,3,4,5,6],
    [3,4,5,6,7],
    [4,5,6,7,8],
];

$csv = array_map(
    function($row) {
        return array_filter(
            $row,
            function($col) {
                return 0!==$col%2; 
            }
        );
    },
    $csv
);

var_export($csv);