Скажем, у меня есть A-> B-> C-> D стек. Как я могу изменить его на D-> A-> B-> C?
нет способа, который может использоваться для перераспределения действий из стека активности. однако для решения вашей проблемы вы можете увидеть запуск режима активности http://developer.android.com/guide/topics/manifest/activity-element.html#lmode
вы также должны увидеть флаги Intent
http://developer.android.com/reference/android/content/Intent.html